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生物信息学计算工具箱

biopython
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Biopython是一个全面的Python库，专为分子生物学和生物信息学设计。它提供了强大的工具，用于序列操纵（DNA、RNA、蛋白质），解析标准生物文件格式（FASTA, GenBank, PDB），并通过Entrez访问NCBI等外部数据库，并执行序列比对、系统发育树构建和结构生物学等复杂分析。非常适合构建自动化、稳健的生物信息学流程。
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临床决策支持报告生成

clinical-decision-support
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本技能专用于为制药和临床研究领域生成专业的临床决策支持（CDS）文档。它擅长进行生物标志物分层的患者队列分析，生成基于证据的治疗指南（包含GRADE分级），并输出符合出版标准的LaTeX/PDF报告，适用于药物开发和监管申报。
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临床报告撰写与合规管理

clinical-reports
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本技能用于生成全面的医学和科学报告，覆盖病例报告、诊断报告、临床试验报告及病历记录等。它确保报告严格符合HIPAA、FDA、ICH-GCP等全球监管标准，并强制集成AI生成的科学图表，极大地提升了文档的科学性和可读性。适用于医疗研究、学术发表和医疗合规管理。
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DeepTools：高通量测序数据分析工具

deeptools
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DeepTools是一个完整的命令行工具集，用于分析高通量测序数据。它支持对ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq等多种实验进行质量控制（QC）、数据标准化、样本比较和高质量的可视化图谱生成。核心功能包括BAM文件到bigWig的转换，以及生成基因组区域的热图和谱图。
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流式细胞术FCS文件解析

flowio
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FlowIO是一个用于处理流式细胞术标准文件（FCS）的专业Python库。它能够高效解析FCS文件的复杂元数据，将事件数据提取为NumPy数组，并支持处理各种通道类型（如散射光、荧光等）。该工具是进行流式细胞数据预处理和构建数据分析管道的理想选择。
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数字病理全玻片图像处理库

histolab
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Histolab是一个用于数字病理学领域的全玻片图像(WSI)处理Python库。它能够自动化处理复杂的病理学任务，包括加载多种WSI格式、进行精细的组织区域分割（生成二值掩码），以及从病理切片中提取高质量的、信息丰富的切块。该库支持随机、网格和评分等多重切块策略，非常适合为深度学习模型准备标准化数据集，加速病理研究流程。
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Matchms：质谱相似性与代谢组学分析

matchms
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Matchms是一个功能强大的开源Python库，专用于质谱数据处理和构建分析流程。它可以支持导入多种格式的谱图数据，提供高级过滤功能以标准化数据，并计算多种谱图相似性得分（如余弦相似度）。该工具在代谢物鉴定、谱库搜索和构建可重复的代谢组学流程方面具有极高的应用价值。
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DICOM医学影像处理工具

pydicom
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用于处理DICOM医学影像文件，支持读取、写入和修改医学图像数据。功能包括提取CT、MRI等各类医学扫描的像素数据，管理复杂的元数据标签，处理数据压缩，执行患者数据匿名化，并能将医学图像转换为标准格式，适用于医疗影像分析和PACS系统集成。
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PyTDC：药物发现机器学习数据集

pytdc
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PyTDC是一个开放科学平台，专门为药物发现和治疗领域提供标准化、可直接用于AI训练的权威数据集和基准。它支持单实例预测（如ADME、毒性）、多实例预测（药物-靶点相互作用DTI）以及分子生成等多种核心任务，是药物机器学习模型开发和性能评估的必备工具。
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单细胞基因组学分析流程

scanpy
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提供一套完整的单细胞转录组数据分析管线。可用于执行从质量控制、数据标准化、到降维分析（如PCA、UMAP、t-SNE）、聚类识别和标记基因发现的全部流程，是进行探索性单细胞基因组学研究的关键工具。
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科研论文图表可视化

scientific-visualization
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专业的科研论文图表可视化工具，用于生成符合顶级期刊要求的图表。它指导用户创建复杂的多面板图表，并强制执行色盲友好的配色、正确的导出格式（如PDF/EPS）以及符合出版标准的排版细节。
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配置Clari API认证与数据导出

clari-install-auth
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本指南详细介绍了如何为Clari设置安全的API访问权限。学习生成API凭证、配置环境变量以及测试连接，从而将关键的收入情报和预测数据导出到数据仓库（如Snowflake或BigQuery）。内容覆盖了标准Clari API和Copilot API的集成步骤。
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