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生物服务跨库查询
bioservices
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
119
BioServices 提供统一 Python 接口,调用几十个生信服务,便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索,适用于整合型生物数据流程。
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BRENDA 酶数据库查询
brenda-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
217
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件,为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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ChEMBL 生物活性查询
chembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
260
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据,按结构/性质/活性过滤,支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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临床决策支持文档
clinical-decision-support
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
301
为医药与临床研究生成出版级临床决策支持文档,涵盖生物标志物分层队列分析、证据分级治疗建议、统计对比及符合监管要求的 LaTeX/PDF 输出。
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DNAnexus 云基因组集成
dnanexus-integration
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
412
通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流,并使用 dxpy 自动化脚本,支撑生物医学流水线。
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人类代谢物数据库查询
hmdb-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
492
通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息,可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选,获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载,支持代谢组学研究与生物标志物分析。
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LaminDB生物数据平台
lamindb
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
109
LaminDB 是一款面向生物数据的开放平台,提供从数据集管理、谱系追踪到本体注释、模式校验与工作流集成的全链路能力,帮助科研团队打造可查询、可复现的 FAIR 数据湖仓。
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代谢组学工作台API
metabolomics-workbench-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
465
通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台,获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据,支持生物标志物与代谢组学分析。
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PDB结构浏览器
pdb-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
130
通过 RCSB PDB 搜索蛋白或核酸结构、下载 PDB/mmCIF/Binary 坐标文件、获取实验元数据并批量处理,为药物发现、蛋白工程和结构生物学提供数据支撑。
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Reactome 通路分析助手
reactome-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
213
调用 Reactome 内容与分析服务(或 reactome2py 客户端)获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据,辅助系统生物学研究。
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微生物组生物信息工具
scikit-bio
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416
scikit-bio 提供 Python 生物数据工具,支持 FASTA/Newick 等格式读写、序列操作、比对、系统发育树构建及多样性分析,适用于微生物组和群落生态研究。
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Python统计建模与计量分析
statsmodels
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Statsmodels是用于Python的专业统计建模和计量经济学库。它提供了一套完整的工具集,支持进行严格的统计推断,包括普通最小二乘回归(OLS)、广义线性模型(GLM)、混合效应模型和时间序列分析(ARIMA)。适用于计量经济学、生物统计学等领域,进行详细的诊断分析、系数估计和假设检验,生成专业报告。
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