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Biopython分子生物工具包

biopython
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303
Biopython 提供序列操作、数据库访问、BLAST 自动化、结构生物信息和系统发育等功能，适合用于编写定制流水线和批量处理的计算分子生物学任务。
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生物服务跨库查询

bioservices
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119
BioServices 提供统一 Python 接口，调用几十个生信服务，便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索，适用于整合型生物数据流程。
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BRENDA 酶数据库查询

brenda-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
217
通过 BRENDA SOAP 接口获取酶的动力学参数、反应方程、底物特异性及环境条件，为生物化学研究、代谢通路构建与酶工程优化提供数据支撑。
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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
260
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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临床决策支持文档

clinical-decision-support
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301
为医药与临床研究生成出版级临床决策支持文档，涵盖生物标志物分层队列分析、证据分级治疗建议、统计对比及符合监管要求的 LaTeX/PDF 输出。
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COBRApy 代谢建模分析

cobrapy
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COBRApy 是面向系统生物学和代谢工程的 Python 工具，支持加载 SBML/JSON/YAML 模型、执行 FBA/FVA/采样、分析基因或反应敲除，并探索培养基与产物相位平面。
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分子机器学习工具集

deepchem
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229
DeepChem 是面向化学与生物的 Python 机器学习库，提供分子特征化、数据加载、拆分和模型训练能力，可快速用于属性、毒性、蛋白质或材料性质预测。
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DNAnexus 云基因组集成

dnanexus-integration
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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。
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统一生物信息查询工具

gget
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gget 提供命令行和 Python 接口，统一访问 20 多个生物信息数据库，可交互或脚本化查询基因、序列、BLAST、结构与富集等信息。
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人类代谢物数据库查询

hmdb-database
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通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。
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LaminDB生物数据平台

lamindb
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LaminDB 是一款面向生物数据的开放平台，提供从数据集管理、谱系追踪到本体注释、模式校验与工作流集成的全链路能力，帮助科研团队打造可查询、可复现的 FAIR 数据湖仓。
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Latch 生物信息工作流

latchbio-integration
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LatchBio Integration 提供 Python 为核心的服务器化生物信息流程构建与部署能力，涵盖装饰器任务、LatchFile/Dir 云存储、GPU 资源调优，以及与 Nextflow/Snakemake 等管道的互通，适合 RNA-seq、AlphaFold 等分析场景。
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