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生物信息学工作流平台
latchbio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
160
Latch是一个强大的Python框架,专为构建和部署可扩展的无服务器生物信息学工作流而设计。它允许用户使用Python装饰器定义复杂工作流,无缝集成Nextflow和Snakemake等主流工具,并通过LatchFile/LatchDir管理云数据。平台提供高级资源配置、GPU支持以及用于RNA-seq和AlphaFold等任务的预验证流程,确保计算生物学实验的高可重复性和效率。
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分子特征化库用于机器学习
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
302
Molfeat是一个全面的Python库,用于将化学结构(如SMILES字符串)转换为数值特征向量。它集成了超过100种预训练和手工设计的分子特征提取器(如ECFP, MACCS, ChemBERTa)。本工具是构建QSAR模型、进行虚拟筛选、相似性搜索以及在分子数据集上训练深度学习模型的关键辅助工具。
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Polars:高性能数据分析库
polars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
271
Polars是一个基于Apache Arrow的高性能数据框库,专为Python和Rust设计。它提供惰性计算和表达式API,能够高效处理内存中的数据集。非常适合构建ETL数据管道和进行复杂的数据清洗分析,是比Pandas更快速、更优化的选择。
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差异基因表达分析 (PyDESeq2)
pydeseq2
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
369
PyDESeq2是用于批量RNA-seq数据差异基因表达分析的Python工具包。它提供了一个完整的生物信息学工作流程,涵盖了数据加载、设计规范(包括多因素效应)、DESeq2模型拟合、Wald统计检验和FDR校正。该工具支持LFC收缩等高级功能,是实现基因组学分析并将其无缝整合到Python数据流中的关键工具。
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科学头脑风暴伙伴
scientific-brainstorming
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
490
这是一个专业的科学头脑风暴工具,专为研究初期规划设计。它可以充当思想伙伴,帮助用户生成新颖的假设,探索跨学科的联系,质疑现有假设,并识别研究空白。适用于需要创意激发和解决复杂科学问题的场景。
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生物数据分析工具包
scikit-bio
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scikit-bio是一个全面的Python库,专为生物信息学和生物数据分析设计。它提供强大的功能,用于处理DNA、RNA和蛋白质序列,执行复杂的序列比对,构建和分析系统发育树,并进行高级的生态学统计。核心能力包括计算多样性度量、进行降维分析(PCoA)以及处理多种生物学文件格式(如FASTA,Newick)。适用于微生物学、基因组学和生态学研究领域。
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Seaborn 统计绘图分析工具
seaborn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Seaborn是一个功能强大的Python统计绘图库,专为创建出版级别的统计图形而设计。它与pandas数据框深度集成,使用户能够轻松可视化复杂的统计关系、分布和比较(例如箱线图、小提琴图和热力图)。它极大地简化了多元分析和探索性数据分析过程。
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内存外海量数据分析
vaex
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Vaex是一个高性能的Python库,专为内存外(out-of-core)计算设计,能够处理和可视化超出系统内存限制的超大型表格数据集。它支持高效进行大规模数据筛选、统计聚合、可视化和构建机器学习模型,特别适用于单机环境下的TB级数据分析。
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ClickHouse数据模型设计
clickhouse-core-workflow-a
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
408
本指南详细介绍了ClickHouse的高性能数据建模最佳实践。内容涵盖了如何根据业务场景选择合适的MergeTree引擎,如何设计ORDER BY键以优化查询速度,以及如何利用分区(Partitioning)管理大规模数据,适用于构建数据仓库和分析系统。
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ClickHouse生产环境就绪检查清单
clickhouse-prod-checklist
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本清单提供了一套全面的ClickHouse生产环境就绪检查流程。它覆盖了从表结构设计(MergeTree、分区)、服务器配置调优、数据备份策略、监控告警设置(延迟、内存),到安全加固和应用集成等所有关键环节,确保系统上线前达到最佳的稳定性和可靠性。
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数据分析与洞察生成
data-analyst
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本助手是专为产品经理设计的数据分析伙伴。它能够帮助用户进行深度的数据探索、撰写复杂的SQL查询,分析关键指标,并结构化地输出发现、解读、局限性和后续建议。适用于需要从复杂数据集中提取可操作的商业洞察,支持产品决策制定。
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Grammarly文档数据处理管线
grammarly-data-handling
jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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这是一个用于处理大型文档的完整数据管道,专为与Grammarly API交互设计。它解决了大文件API限制的问题,通过智能文本分块(Chunking)将文本分割为可处理的小块,然后对每一块进行评分,最后汇总所有关键指标(如正确性、清晰度、语气等),生成全面的报告。
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