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可扩展基因调控网络推断

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使用 GRNBoost2/GENIE3 等可扩展算法，从 bulk 或单细胞表达数据中推断转录因子与靶基因关系，支撑大型转录组与 SCENIC 流程的调控网络分析。

CELLxGENE Census 数据查询

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以代码方式访问 CELLxGENE Census 的 6100 万+ 单细胞数据，获取表达矩阵、标准化元数据与嵌入，适用于组织、疾病或细胞类型查询，以及机器学习与大型跨数据集分析。

COSMIC癌症突变数据访问

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通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。

GEO基因表达提取器

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连接NCBI GEO仓库，通过Entrez搜索GSE/GSM/GPL/Profiles，获取基因表达数据、实验设计和矩阵文件，配合GEOparse下载分析所需的转录组资料。

PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 是在 Python 中复现 DESeq2 的差异表达分析工具，可载入 bulk RNA-seq 计数、过滤低表达基因、指定单/多因素设计、执行 Wald 检验并进行 LFC 收缩，方便结合 pandas/AnnData 管道输出结果和可视化。

Reactome 通路分析助手

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调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。

单细胞生成建模工具

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提供基于 PyTorch 的概率生成模型，面向单细胞 RNA、ATAC、空间与多模态数据，自动校正批次效应、支持不确定性差异分析，便于与 scanpy 流程对接。

cBioPortal癌症基因组数据

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通过 cBioPortal REST API 查询 TCGA、GENIE 等肿瘤研究的突变、拷贝数、表达和生存数据，可用于癌基因验证、共突变模式分析与临床变量关联研究。

GTEx 表达数据探索

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通过调用 GTEx 门户和 API 获取组织特异的基因表达、eQTL、sQTL 及变异调控数据，帮助解释 GWAS 位点并探索 54 种组织中的基因调控模式。

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