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FlowIO流式细胞文件处理

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提供流式细胞FCS 2.0-3.1文件的读取、元数据与通道提取，以及 NumPy 数组导出和新文件生成，适合预处理流水线或简单的验证/格式转换需求。

FRED经济数据接口

fred-economic-data

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通过 FRED API 获取涵盖 GDP、就业、通胀、利率及区域等 80 多万个经济序列，适用于宏观分析、金融研究、政策评估与经济预测等场景。

NCBI基因查询助手

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通过 E-utilities 或 Datasets API 查询 NCBI Gene，按符号或 ID 获取 RefSeq、GO、定位、表型等信息，支持批量检索与注释分析。

GEO基因表达提取器

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连接NCBI GEO仓库，通过Entrez搜索GSE/GSM/GPL/Profiles，获取基因表达数据、实验设计和矩阵文件，配合GEOparse下载分析所需的转录组资料。

Gtars基因组分析工具

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Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。

人类代谢物数据库查询

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通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。

LaminDB 生物数据湖仓

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LaminDB 通过湖仓架构、血缘追踪、标准化验证及本体注释，统一管理 scRNA-seq、空间、流式等生物数据，使其可查询、可追溯、可复现，并与 Nextflow、MLflow、W&B 等工作流和部署体系集成。

Latch生物信息工作流

latchbio-integration

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LatchBio Integration 支持用 Python 装饰器构建无服务器生物信息工作流，结合 LatchFile/LatchDir 数据管理、资源调优与 Nextflow/Snakemake 集成，推进生产化流程。

质谱谱图匹配

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matchms 是一套开源 Python 质谱分析库，可导入多格式谱图、统一元数据、过滤和标准化峰值、计算相似度并构建可复现流程，便于代谢物鉴定与谱库搜索。

Matplotlib 可视化指南

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Matplotlib 是 Python 的基础绘图库，提供 pyplot 与面向对象接口，可精细控制线型、色彩、多子图与导出格式，适用于科研报表、交互笔记本与桌面界面可视化输出。

分子特征化中心

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Molfeat 提供 100 多种分子特征器与预训练嵌入，可将 SMILES 或 RDKit 分子转换为适合 QSAR、虚拟筛选、相似性搜索与深度学习的数值特征，支持并行、缓存与 scikit-learn 集成。

开放靶点数据库平台

opentargets-database

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通过 Open Targets GraphQL API 查询靶点-疾病关联、可成药性、安全性、药物及多组学证据，帮助完成治疗靶点发现、优先级排序、安全评估和药物再利用等工作。

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