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KEGG REST 工具集

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。

质谱谱图匹配

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matchms 是一套开源 Python 质谱分析库，可导入多格式谱图、统一元数据、过滤和标准化峰值、计算相似度并构建可复现流程，便于代谢物鉴定与谱库搜索。

代谢组学工作台API

metabolomics-workbench-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过 REST API 访问 NIH 代谢组学工作台，获取代谢物、RefMet 规范命名、质谱 m/z 检索与研究数据，支持生物标志物与代谢组学分析。

PDB结构浏览器

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通过 RCSB PDB 搜索蛋白或核酸结构、下载 PDB/mmCIF/Binary 坐标文件、获取实验元数据并批量处理，为药物发现、蛋白工程和结构生物学提供数据支撑。

PyOpenMS 质谱分析平台

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

PyOpenMS 通过 Python 接口调用 OpenMS，面向蛋白质组和代谢组全流程，从文件读写、信号处理、特征检测到鉴定定量，并可与 pandas/可视化工具整合。

arXiv论文检索下载

wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep

基于关键词或 arXiv ID 检索论文，展示结果表格并可批量下载至本地目录，同时输出详情摘要、作者、分类与关键贡献，方便持续的文献整理与复盘。

语义学者论文搜索

semantic-scholar

wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep

通过 Semantic Scholar API 检索 IEEE/ACM/Springer 等已发表会议或期刊论文，提供引用数、会议信息、TLDR 以及与 arXiv 重叠的标注，满足寻找正式出版物的研究需求。

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