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临床深度学习流程工具

pyhealth
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PyHealth是一个用于临床深度学习的Python工具包，旨在处理电子病历（EHR）、生理信号和医学影像等多模态数据。它基于稳定的五阶段流水线（数据集→任务→模型→训练器→指标），支持用户在医疗领域执行复杂的预测任务，例如预测死亡率、推荐药物、睡眠分期，以及进行ICD/ATC等医疗代码交叉映射。
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质谱分析与数据处理平台

pyopenms
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这是一个基于Python的质谱分析计算平台，专为蛋白质组学和代谢组学工作流设计。它支持从原始MS数据到鉴定、定量（包括无标签和等位素定量）的完整分析流程，能够处理复杂的LC-MS/MS数据，是生物信息学研究的强大工具。
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PyTDC：药物发现AI数据集

pytdc
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PyTDC（治疗性数据中心）是一个开放科学平台，为药物研发和开发流程提供完整的、可用于AI训练的数据集和基准测试。它支持单实例预测（如ADME、毒性）、多实例预测（DTI、DDI）以及分子生成等任务，是进行生物医学属性预测和模型性能评估的理想工具。
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量子电路与算法开发

qiskit
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Qiskit是一个主流的开源量子计算框架，用于构建、优化和执行复杂的量子电路与算法。它支持在各种硬件后端（包括IBM Quantum和本地模拟器）上运行量子程序。适用于量子化学模拟、变分量子算法（VQE/QAOA）和量子机器学习等前沿研究。
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深度研究信息检索

research-lookup
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这是一个多维度的实时研究查询工具，能够自动将用户查询路由到最合适的后端（包括快速网页搜索、深度综合分析和学术论文数据库）。它能帮助用户收集可靠的统计数据、查证科学事实、查找专业论文或汇集市场趋势，特别适用于撰写学术和技术报告。
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单细胞RNA测序分析

scanpy
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这是一个功能全面的Python工具包，用于执行从原始数据到最终细胞类型注释的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。它支持质量控制（QC）、数据标准化、降维（PCA/UMAP/t-SNE）、细胞聚类和差异基因表达分析等全流程。用户可以使用内置的脚本处理多种格式的数据，生成高质量的生物学图谱和注释报告。
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学术论文科学可视化

scientific-visualization
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用于创建符合学术期刊要求的专业级科学图表。该技能指导用户掌握科学数据的可视化最佳实践，包括复杂的多面板布局、错误条的准确展示、色盲友好色谱的使用，以及遵循如Nature、Science等主流期刊的排版和导出规范。确保图表在不同格式和分辨率下保持最高质量。
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生物信息学数据分析工具

scikit-bio
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这是一个全面的Python生物信息学工具包，用于处理和分析生物学数据。核心功能包括DNA/RNA/蛋白质序列操作、配对和多重序列比对、构建和分析系统发育树，以及计算Alpha/Beta多样性等生态学指标。适用于微生物组学分析、进化学研究和各种生物数据处理，支持FASTA、Newick等标准格式。
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Python生存分析与时间事件建模

scikit-survival
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scikit-survival是一个基于scikit-learn的专业Python库，专注于时间事件的生存分析。它解决了处理删失数据（如右删失）这一关键挑战，提供了多种高级模型选择，包括Cox比例风险模型、随机生存森林、梯度提升和生存SVM。用户可以使用C指数和Brier分数等指标评估模型性能，适用于医学、可靠性工程和生物统计等领域的研究。
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综合统计分析工具箱

statistical-analysis
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本技能指导用户完成完整的统计分析流程，涵盖从提出研究问题、数据假设检查到运行复杂模型（如t检验、方差分析、回归、贝叶斯方法）。它强调计算效应量，并生成符合APA标准的完整报告，确保研究结果的严谨性和可复现性。
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Python符号数学计算库

sympy
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SymPy是一个用于精确符号数学计算的强大Python库。它允许用户处理复杂的数学表达式，进行符号代数、微积分、方程求解、线性代数和物理模型构建。适用于科学计算、工程建模和高等数学研究，避免了浮点数精度误差。
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UMAP非线性降维与可视化

umap-learn
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UMAP是一种强大的非线性降维技术，用于将高维数据映射到低维空间（如2D/3D）。本工具支持用于数据可视化、聚类预处理和特征工程，能够保留数据的高维结构，并支持监督学习和多种距离度量指标。
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