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单细胞 Census 数据查询工具

cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
144
该技能提供对 CZ CELLxGENE Census 的程序化访问，这是一个包含版本化公共单细胞和空间转录组数据的综合集合。它支持高效查询大规模细胞元数据、基因表达切片和嵌入，无需下载整个数据集。适用于分析人类、小鼠等多种生物体的数据，并与 Scanpy、AnnData 等工具集成，支持大规模分析和机器学习工作流。
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临床决策支持研究评估

clinical-decision-support
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
80
用于准备和验证仅限研究的临床决策支持评估、证据概要、队列、生存分析、生物标志物/模型、隐私和治理工件，支持聚合或合成数据的文档与溯源；不用于患者诊疗或实时临床操作。
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癌症依赖图谱分析工具

depmap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
145
该工具提供癌症依赖图谱（DepMap）数据接口，基于全基因组CRISPR筛选、RNAi和化合物敏感性实验。可用于查询基因的依赖性评分，识别特定于癌症的脆弱点，预测合成致死作用，并验证肿瘤学药物靶点。
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ETE4 系统发育树工具包

etetoolkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
50
使用 ETE 4 分析、编辑、比较、注释和可视化系统发育树：支持 Newick/Nexus 读写、定根与修剪、Robinson-Foulds 拓扑比较、基因树进化事件推断、NCBI/GTDB 分类学查询以及 SmartView 交互渲染与出版级出图。
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综合地理空间分析技能

geomaster
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160
该技能涵盖地理空间科学，包括遥感、GIS、空间分析和地球观测机器学习。支持卫星影像处理、矢量与栅格数据操作、空间统计及点云处理。用户可利用云原生工作流和多种编程语言，配合 500+ 代码示例。适用于地形分析、水文建模及海洋空间分析任务。
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蛋白质糖基化工程

glycoengineering
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
388
分析和改造蛋白质糖基化。扫描N-糖基化序列子，预测O-糖基化热点，并访问精选糖工程工具，用于抗体优化和疫苗设计。
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科学研究假设生成

hypothesis-generation
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
283
该技能帮助构建有证据支持的科学问题和候选假设。它将观察转化为透明、可测试的研究计划，不将假设视为事实。它区分观察、机制和预测，确保严谨的研究设计和安全合规。
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Matplotlib 数据可视化库

matplotlib
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330
Matplotlib 是 Python 基础可视化库，用于创建静态、动画和交互式图表。支持线、散点、柱状图等多种类型，适用于科学统计可视化。可自定义外观、创建多面板图表，并导出为 PNG、PDF 等格式。适合制作出版级图形及集成到 Jupyter 笔记本中。
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分子动力学模拟与分析

molecular-dynamics
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156
使用 OpenMM 和 MDAnalysis 运行并分析分子动力学模拟，包括蛋白质/小分子体系搭建、力场选择、能量最小化、NVT 平衡、生产模拟以及 RMSD、RMSF、接触图和自由能面等轨迹分析，适用于结构生物学、药物结合和生物物理研究。
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OMERO 显微数据集成

omero-integration
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465
使用 omero-py、BlitzGateway、OMERO CLI 等安全检查和自动化 OMERO.server 显微数据工作流，涵盖数据清单、元数据导出、注释、ROI、渲染及经审核的写入操作。
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PrimeKG 知识图谱查询

primekg
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75
查询 PrimeKG 精准医学知识图谱，检索基因、药物、疾病和表型节点，获取邻居关联，分析疾病上下文，并探索药物重定位路径。
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PyOpenMS 质谱分析

pyopenms
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387
PyOpenMS 提供 OpenMS 库的 Python 接口，用于蛋白质组学和代谢组学的质谱数据分析。支持特征检测、肽段与蛋白质鉴定、无标记与同量异序定量、加合物与精确质量注释，并内置即用脚本，覆盖常见 LC-MS/MS 工作流。
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