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Python
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Gtars基因组分析工具
gtars
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
324
Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。
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KEGG REST 工具集
kegg-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
279
提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。
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Latch生物信息工作流
latchbio-integration
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
235
LatchBio Integration 支持用 Python 装饰器构建无服务器生物信息工作流，结合 LatchFile/LatchDir 数据管理、资源调优与 Nextflow/Snakemake 集成，推进生产化流程。
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质谱谱图匹配
matchms
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
304
matchms 是一套开源 Python 质谱分析库，可导入多格式谱图、统一元数据、过滤和标准化峰值、计算相似度并构建可复现流程，便于代谢物鉴定与谱库搜索。
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Matplotlib 可视化指南
matplotlib
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
149
Matplotlib 是 Python 的基础绘图库，提供 pyplot 与面向对象接口，可精细控制线型、色彩、多子图与导出格式，适用于科研报表、交互笔记本与桌面界面可视化输出。
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分子特征化中心
molfeat
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
100
Molfeat 提供 100 多种分子特征器与预训练嵌入，可将 SMILES 或 RDKit 分子转换为适合 QSAR、虚拟筛选、相似性搜索与深度学习的数值特征，支持并行、缓存与 scikit-learn 集成。
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生理信号处理工具
neurokit2
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
479
NeuroKit2 是面向 ECG、EEG、EDA、RSP、PPG、EMG、EOG 等多种生理信号的 Python 工具包，可用于心率变异、事件相关电位、复杂性、交感副交感评估及多模态融合研究。
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病理切片分析工具
pathml
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
253
PathML 是面向计算型病理的 Python 工具，支持整张切片读取、染色预处理、空间图谱构建以及多参数免疫荧光数据的机器学习分析。
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Plotly 交互式图表
plotly
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
121
Plotly 是 Python 交互式图形库，适合数据探索、仪表盘与汇报，支持提示、缩放、动画和多种导出格式。
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Polars 数据框架
polars
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
165
基于 Arrow 的高性能 Python/Rust 数据框架，利用懒执行和并行计算驱动 1-100GB 的 ETL 管道，可作为更快的 pandas 替代方案。
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PyDESeq2 差异表达分析
pydeseq2
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57
PyDESeq2 是在 Python 中复现 DESeq2 的差异表达分析工具，可载入 bulk RNA-seq 计数、过滤低表达基因、指定单/多因素设计、执行 Wald 检验并进行 LFC 收缩，方便结合 pandas/AnnData 管道输出结果和可视化。
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PyOpenMS 质谱分析平台
pyopenms
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458
PyOpenMS 通过 Python 接口调用 OpenMS，面向蛋白质组和代谢组全流程，从文件读写、信号处理、特征检测到鉴定定量，并可与 pandas/可视化工具整合。
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