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Ensembl基因组数据库接口

ensembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
413
通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射，便于整合入基因组研究流程。
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基因组区间工具库

gtars
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203
高性能 Rust 工具库（含 Python 绑定），面向基因组区间分析，支持重叠检测、覆盖轨道、ML 标记化、参考序列管理、片段拆分与评分等常见测序数据流程。
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GWAS目录访问

gwas-database
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372
通过 GWAS 目录网页或 REST 接口查询 SNP 与性状关联，获取研究、变异、性状信息及统计结果，支撑遗传流行病学与多基因风险模型研究。
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KEGG REST 工具集

kegg-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
447
提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。
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LaminDB生物数据平台

lamindb
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LaminDB 是一款面向生物数据的开放平台，提供从数据集管理、谱系追踪到本体注释、模式校验与工作流集成的全链路能力，帮助科研团队打造可查询、可复现的 FAIR 数据湖仓。
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科学同行评审检查表

peer-review
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219
为审稿人提供一套结构化流程，涵盖方法、统计、报告规范与建设性建议，便于跨学科开展严谨的科学稿件与基金评审。
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PubMed 数据库访问

pubmed-database
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219
通过 PubMed 的 REST/API 接口构建布尔、MeSH 查询，按类型和时间等属性过滤文献，并借助 NCBI E-utilities 自动抓取摘要、引用和批量处理。
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Pysam基因组分析工具

pysam
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Pysam 提供 htslib 的 Python 接口，可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，便于提取区域、计算覆盖、分析变异，并支持 NGS 流水线集成。
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高级分子控制

rdkit
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RDKit 是 Python 化学信息学库，支持读取/写入分子、描述符计算、指纹、子结构搜索、反应变换与 2D/3D 可视化，适合药物发现与计算化学研究。
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Scikit-learn 机器学习工具

scikit-learn
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提供 scikit-learn 机器学习全流程指导，涵盖监督/无监督算法、预处理、评估、超参数调优与流水线搭建，方便快速交付可解释的模型。
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Scikit 生存分析

scikit-survival
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基于 scikit-survival 的 Python 生存分析工具，涵盖 Cox、集成模型、SVM 与指标评估，便于处理删失数据的时间事件建模。
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Seaborn统计可视化库

seaborn
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Seaborn是一个用于创建专业级统计图形的Python库。它专注于数据科学领域的探索性数据分析和多变量可视化。用户可以利用它轻松绘制关系图、分布图（如直方图、KDE图）和复杂的多面板图，非常适合进行深入的数据洞察。
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