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ClinVar 变异临床意义查询

clinvar-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
217
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义，通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF，辅助基因组医学解读。
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COBRApy 代谢建模工具

cobrapy
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384
COBRApy 是用于约束代谢模型重建与分析的 Python 库，涵盖模型导入导出、FBA/FVA、基因与反应敲除、通量采样与生产包络分析，适合系统生物学与代谢工程研究。
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Data Commons 客户端

datacommons-client
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
488
提供 Data Commons 的 Python 客户端，可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据，并结合 Pandas 处理观测记录，适合探索知识图谱中的统计关系。
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Ensembl基因组数据库接口

ensembl-database
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125
通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射，便于整合入基因组研究流程。
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计算资源监控助手

get-available-resources
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在科学计算开始前检测 CPU、GPU、内存和磁盘资源，生成 JSON 报告并给出并行、内存和 GPU 策略建议，帮助选择最优的计算方式。
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Gtars基因组分析工具

gtars
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324
Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。
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GWAS目录访问

gwas-database
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424
通过 GWAS 目录网页或 REST 接口查询 SNP 与性状关联，获取研究、变异、性状信息及统计结果，支撑遗传流行病学与多基因风险模型研究。
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自动化假设发现

hypogenic
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通过结合大语言模型的表格数据洞察与文献综述，自动生成并测试假设，适用于欺骗检测、内容分析等领域，让科研人员系统探索、验证多种假设并产出高多样性的研究想法。
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科学假设生成

hypothesis-generation
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265
在观察或文献基础上构建可检验的科学假设、设计实验、对比解释与制定预测，并要求配合 AI 生成的科学图示完成分析报告。
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KEGG REST 工具集

kegg-database
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提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。
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LaminDB 生物数据湖仓

lamindb
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LaminDB 通过湖仓架构、血缘追踪、标准化验证及本体注释，统一管理 scRNA-seq、空间、流式等生物数据，使其可查询、可追溯、可复现，并与 Nextflow、MLflow、W&B 等工作流和部署体系集成。
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Polars 数据框架

polars
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基于 Arrow 的高性能 Python/Rust 数据框架，利用懒执行和并行计算驱动 1-100GB 的 ETL 管道，可作为更快的 pandas 替代方案。
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