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分子动力学工具

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利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。

系统发生树重建与分析工具包

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这是一个完整的系统发生学分析流程，用于重建生物序列（基因、蛋白质）的进化关系。流程涵盖了从多序列比对（MAFFT）到最大似然树构建（IQ-TREE 2），再到可视化和分析（ETE3）的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。

生物信息学计算工具箱

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Biopython是一个全面的Python库，专为分子生物学和生物信息学设计。它提供了强大的工具，用于序列操纵（DNA、RNA、蛋白质），解析标准生物文件格式（FASTA, GenBank, PDB），并通过Entrez访问NCBI等外部数据库，并执行序列比对、系统发育树构建和结构生物学等复杂分析。非常适合构建自动化、稳健的生物信息学流程。

分子化学信息学工具包

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Datamol是一个轻量级的Python化学信息学工具包，是对RDKit的简化封装。它提供了强大的分子结构标准化、理化描述符计算、指纹图谱生成、3D构象分析以及多格式（SMILES, SDF等）的读写能力。特别适用于药物发现和化学数据集的批量处理，支持并行计算和云端存储，极大地简化了分子计算流程。

分子动力学模拟流程

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本技能提供分子动力学模拟的完整工作流程，涵盖了系统构建、势场定义、能量最小化和平衡化过程。使用OpenMM和MDAnalysis等专业工具，适用于蛋白质结构稳定性分析、药物结合建模及生物物理学研究。

系统发生树构建与分析工具包

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本工具包提供完整的系统发生学分析流程，涵盖序列比对、数据精修和树状图构建。集成了MAFFT进行多序列比对，IQ-TREE 2和FastTree进行最大似然树推断。适用于分子基因组学、病毒进化追踪、蛋白质家族分析和分子时钟研究等领域，实现自动化生物信息学分析。

Python材料科学工具包

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Pymatgen是一个专业的Python计算材料科学工具包。它用于创建、操作和分析晶体结构、分子系统。核心功能涵盖相图计算、电子结构分析（态密度、能带隙）、空间群对称性分析、超晶胞生成，并可与Materials Project数据库无缝集成。支持超过100种文件格式。

RDKit化学信息学工具包

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RDKit是一个功能全面的Python库，用于进行分子结构的读写、分析和操作。它支持处理多种分子格式（如SMILES、SDF、MOL），计算理化描述符，进行子结构搜索和立体化学分析。是药物发现、计算化学和学术研究的强大工具。

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