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注释数据矩阵

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AnnData 提供面向单细胞和注释数据的 Python 容器，支持在一个对象里管理数据矩阵与多维元数据，读取/写入 h5ad/zarr/loom/10X 等格式，并与 scverse 工具配合执行大规模分析。

Arboreto基因调控网络

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Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于处理单细胞 RNA-seq 数据，包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化，适用于 h5ad/10X/CSV 格式。

单细胞生成建模工具集

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基于 PyTorch 的单细胞组学概率生成模型框架，统一 API 支持批次校正、数据整合、多模态/空间分析、差异表达与迁移学习，适合高级建模流程。

scVelo RNA速度轨迹分析

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面向单细胞 RNA-seq 的 RNA 速度分析工具包，通过建模未剪接/已剪接转录本动力学推断细胞分化方向、潜在时间和驱动基因，可与 Scanpy 流程联动。

AnnData 注释矩阵框架

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用于处理带注释数据矩阵的 Python 包，将实验测量值与观测和变量元数据一同存储。适用于单细胞基因组学分析、.h5ad/zarr 文件读写、数据集拼接以及 scverse 生态集成。

基因调控网络推断

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使用可扩展的 GRNBoost2 和 GENIE3 算法，从批量或单细胞转录组数据中推断基因调控网络，识别转录因子与靶基因的调控关系，并支持分布式计算。

单细胞 Census 数据查询工具

cellxgene-census

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该技能提供对 CZ CELLxGENE Census 的程序化访问，这是一个包含版本化公共单细胞和空间转录组数据的综合集合。它支持高效查询大规模细胞元数据、基因表达切片和嵌入，无需下载整个数据集。适用于分析人类、小鼠等多种生物体的数据，并与 Scanpy、AnnData 等工具集成，支持大规模分析和机器学习工作流。

LaminDB 生物数据管理

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LaminDB 是一个开源的、原生谱系的数据湖，专为生物数据集和模型设计。它支持数据的查询、追踪、验证和 FAIR 合规性，兼容多种存储格式。用户可追踪计算工作流，通过 Bionty 进行本体注释，管理单细胞测序等生物数据，确保可复现性和团队协作。

Scanpy 单细胞分析工具

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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于单细胞 RNA 测序数据分析。涵盖质量控制、标准化、降维、聚类和可视化。支持将 R 格式转换为 h5ad，并提供现成的 CLI 脚本实现端到端工作流，适用于探索性分析和高质量绘图。

scVelo RNA速率分析

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scVelo 是用于单细胞 RNA 测序的 RNA 速率分析 Python 包，通过未剪接/剪接 mRNA 动力学估计细胞状态转变，推断轨迹方向，计算潜在时间并识别驱动基因，揭示细胞命运决定。

单细胞基因组深度学习工具

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scvi-tools 是一个全面的 Python 框架，用于单细胞基因组学中的概率深度学习模型。基于 PyTorch 和 PyTorch Lightning 构建，支持批次校正、迁移学习、带不确定性的差异表达分析和多模态数据整合。适用于单细胞 RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq、空间转录组学及甲基化、流式细胞术等专用模态的高级建模分析。

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