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单细胞
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注释数据矩阵
anndata
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
451
AnnData 提供面向单细胞和注释数据的 Python 容器,支持在一个对象里管理数据矩阵与多维元数据,读取/写入 h5ad/zarr/loom/10X 等格式,并与 scverse 工具配合执行大规模分析。
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Arboreto基因调控网络
arboreto
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
139
Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系,支持TF筛选与Dask分布式运行,输出排序链接供后续分析。
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Scanpy 单细胞分析流程
scanpy
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
63
Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包,用于处理单细胞 RNA-seq 数据,包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化,适用于 h5ad/10X/CSV 格式。
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单细胞生成建模工具集
scvi-tools
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
353
基于 PyTorch 的单细胞组学概率生成模型框架,统一 API 支持批次校正、数据整合、多模态/空间分析、差异表达与迁移学习,适合高级建模流程。
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scVelo RNA速度轨迹分析
scvelo
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
339
面向单细胞 RNA-seq 的 RNA 速度分析工具包,通过建模未剪接/已剪接转录本动力学推断细胞分化方向、潜在时间和驱动基因,可与 Scanpy 流程联动。
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AnnData:单细胞注释数据结构
anndata
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
176
AnnData是一个专业的Python库,用于处理和分析注释化的矩阵数据,尤其适用于单细胞基因组学和生物信息学领域。它能高效存储实验测量值(X)和多维度的元数据(obs, var等)。本技能支持读取、写入、子集和拼接大型复杂数据集(如.h5ad、.zarr),是进行scRNA-seq分析和集成scverse生态系统的关键工具。
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基因调控网络推断
arboreto
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
55
Arboreto是一个强大的Python库,用于从各种基因表达数据集(如单细胞或批量RNA-seq)推断基因调控网络(GRN)。它利用GRNBoost2和GENIE3等算法,识别转录因子与目标基因之间的关键调控关系。支持Dask分布式计算,适用于大规模高通量转录组学分析。
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细胞图谱数据查询与分析
cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
225
该技能提供对CZ CELLxGENE大型公共单细胞和空间转录组学数据的程序化访问。用户无需下载整个数据集,即可按细胞类型、组织、疾病等维度进行高效查询,获取基因表达矩阵、元数据和预计算的嵌入信息。适用于大规模、跨数据集的生物学研究和模型训练。
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基因组区间机器学习
geniml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
237
Geniml是一个用于对基因组区间数据(BED文件)进行机器学习建模的Python工具包。它提供了多种无监督方法(如Region2Vec和BEDspace),用于学习基因组区域、单细胞(scATAC-seq)和元数据关联的鲁棒嵌入。适用于基因组学研究中的降维、聚类、细胞类型注释和跨模态查询等任务。
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基因组区间分析与处理工具
gtars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
58
Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包,基于Rust开发并提供Python绑定。它专为处理基因组区间数据而设计,功能包括重叠区域检测、覆盖度轨道生成(WIG/BigWig)、用于机器学习模型的基因组序列Tokenization,以及单细胞基因组学中的片段分析。适用于构建复杂的生物信息学分析流程。
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单细胞RNA测序分析
scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
123
这是一个功能全面的Python工具包,用于执行从原始数据到最终细胞类型注释的单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析。它支持质量控制(QC)、数据标准化、降维(PCA/UMAP/t-SNE)、细胞聚类和差异基因表达分析等全流程。用户可以使用内置的脚本处理多种格式的数据,生成高质量的生物学图谱和注释报告。
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单细胞RNA速度轨迹分析
scvelo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
425
scVelo是一个用于单细胞RNA测序数据的RNA速度分析工具包。它通过建模mRNA剪接的动力学过程(利用未剪接与剪接mRNA的丰度比值),来推断细胞群体的状态转变和发育轨迹。该方法无需时间序列数据,即可预测细胞命运,是生物信息学和发育生物学研究中的关键工具。
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