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DNAnexus 云基因组集成
dnanexus-integration
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
412
通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流,并使用 dxpy 自动化脚本,支撑生物医学流水线。
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系统发育树工具包
etetoolkit
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
320
一个用于系统发育树分析的套件,支持树结构操作、进化事件检测、NCBI分类学集成以及 PDF/SVG 等可视化,适合系统发育组学与基因家族研究。
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统一生物信息查询工具
gget
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
488
gget 提供命令行和 Python 接口,统一访问 20 多个生物信息数据库,可交互或脚本化查询基因、序列、BLAST、结构与富集等信息。
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KEGG REST 工具集
kegg-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
447
提供 KEGG REST API 的 Python 工具,涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互,帮助完成通路与基因组分析。
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Pysam基因组分析工具
pysam
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
250
Pysam 提供 htslib 的 Python 接口,可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ,便于提取区域、计算覆盖、分析变异,并支持 NGS 流水线集成。
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Reactome 通路分析助手
reactome-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
213
调用 Reactome 内容与分析服务(或 reactome2py 客户端)获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据,辅助系统生物学研究。
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AnnData:单细胞注释数据结构
anndata
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
176
AnnData是一个专业的Python库,用于处理和分析注释化的矩阵数据,尤其适用于单细胞基因组学和生物信息学领域。它能高效存储实验测量值(X)和多维度的元数据(obs, var等)。本技能支持读取、写入、子集和拼接大型复杂数据集(如.h5ad、.zarr),是进行scRNA-seq分析和集成scverse生态系统的关键工具。
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基因调控网络推断
arboreto
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
55
Arboreto是一个强大的Python库,用于从各种基因表达数据集(如单细胞或批量RNA-seq)推断基因调控网络(GRN)。它利用GRNBoost2和GENIE3等算法,识别转录因子与目标基因之间的关键调控关系。支持Dask分布式计算,适用于大规模高通量转录组学分析。
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细胞图谱数据查询与分析
cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
225
该技能提供对CZ CELLxGENE大型公共单细胞和空间转录组学数据的程序化访问。用户无需下载整个数据集,即可按细胞类型、组织、疾病等维度进行高效查询,获取基因表达矩阵、元数据和预计算的嵌入信息。适用于大规模、跨数据集的生物学研究和模型训练。
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DNAnexus基因组学云平台集成
dnanexus-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
362
这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集(如FASTQ, BAM, VCF)到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。
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系统发育树分析与可视化工具包
etetoolkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
94
ETE工具包是一个全面的系统发育学分析平台,用于处理和分析层级树结构。它支持多种树格式(Newick, NHX),提供检测演化事件(如重复和分化)、识别直系同源基因和旁系同源基因等高级功能,并可与NCBI数据库集成,生成高质量的生物学图表。
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生物数据谱系湖仓管理系统
lamindb
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
352
LaminDB是一个开源的、原生支持谱系追踪的湖仓,专为复杂的生物学数据集和模型设计。它提供统一的功能,用于查询、追踪数据血缘、验证模式,并确保数据符合FAIR标准。适用于管理多模态基因组数据、追踪计算工作流程(如Nextflow),或构建可靠、可重复的生物信息学数据基础设施。
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