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Cirq 量子计算工具

cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
192
Cirq 是 Google Quantum AI 的 Python 框架，用于构建、模拟与运行考虑噪声的量子电路，涵盖电路变换、仿真、实验模板和硬件整合流程，适合面向真实量子设备的开发。
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COBRApy 代谢建模分析

cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
332
COBRApy 是面向系统生物学和代谢工程的 Python 工具，支持加载 SBML/JSON/YAML 模型、执行 FBA/FVA/采样、分析基因或反应敲除，并探索培养基与产物相位平面。
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上下文模式洞察分析

ctx-insight
mksglu/context-mode
295
此工具提供全面的上下文模式洞察仪表板，用于分析您的个人工作流程和使用习惯。它可以追踪会话活动、工具使用频率、错误率以及并行工作模式，帮助用户深入了解工作效率，并获取可执行的改进建议。
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Datamol化学信息工具

datamol
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Datamol 提供 rdkit 的 Python 化封装，简化 SMILES/SELFIES/InChI 解析、结构标准化、分子描述符/指纹、聚类、3D 构象、并行批处理及云存储读写等药物发现流程，并保持与 rdkit.Chem.Mol 对象的兼容性。
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分子机器学习工具集

deepchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
212
DeepChem 是面向化学与生物的 Python 机器学习库，提供分子特征化、数据加载、拆分和模型训练能力，可快速用于属性、毒性、蛋白质或材料性质预测。
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NGS 数据可视化利器

deeptools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
86
deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。
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ESM 蛋白质建模工具集

esm
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
479
融合 ESM3 与 ESM C 蛋白质语言模型，支持生成序列、预测结构、功能条件化、提取嵌入，可通过本地部署或 Forge API 完成蛋白结构与设计任务。
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系统发育树工具包

etetoolkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
320
一个用于系统发育树分析的套件，支持树结构操作、进化事件检测、NCBI分类学集成以及 PDF/SVG 等可视化，适合系统发育组学与基因家族研究。
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统一生物信息查询工具

gget
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
299
gget 提供命令行和 Python 接口，统一访问 20 多个生物信息数据库，可交互或脚本化查询基因、序列、BLAST、结构与富集等信息。
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糖链工程工具集

glycoengineering
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
419
对蛋白序列进行N-和O-糖基化位点分析，提供筛查、添加或消除糖基化位点的策略，辅助抗体优化、疫苗设计及生物类似物糖链比对。
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基因组区间工具库

gtars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
487
高性能 Rust 工具库（含 Python 绑定），面向基因组区间分析，支持重叠检测、覆盖轨道、ML 标记化、参考序列管理、片段拆分与评分等常见测序数据流程。
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技术设计规范生成器

kiro-spec-design
gotalab/cc-sdd
230
本工具用于生成全面、结构化的技术设计规范。它指导用户系统地完成设计流程，涵盖上下文加载、根据功能类型执行深入发现与分析、应用设计原则进行综合，最终生成边界清晰、结构化的技术设计初稿，确保所有需求都与明确的技术组件相对应。
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