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质谱分析与数据处理平台

pyopenms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个基于Python的质谱分析计算平台，专为蛋白质组学和代谢组学工作流设计。它支持从原始MS数据到鉴定、定量（包括无标签和等位素定量）的完整分析流程，能够处理复杂的LC-MS/MS数据，是生物信息学研究的强大工具。
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PyTDC：药物发现AI数据集

pytdc
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PyTDC（治疗性数据中心）是一个开放科学平台，为药物研发和开发流程提供完整的、可用于AI训练的数据集和基准测试。它支持单实例预测（如ADME、毒性）、多实例预测（DTI、DDI）以及分子生成等任务，是进行生物医学属性预测和模型性能评估的理想工具。
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Python Zotero文献管理工具

pyzotero
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Pyzotero是一个强大的Python库，用于通过Zotero Web API v3程序化地管理和操作Zotero文献库。它支持文献条目、集合、标签和附件的增删改查，特别适用于构建复杂的科研自动化工作流，进行文献引用导出或批量数据处理。
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Python 量子系统模拟工具箱

qutip
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QuTiP是一个强大的Python库，用于模拟和分析量子力学系统。它支持模拟闭合（幺正）和开放（耗散）量子系统，适用于研究量子光学、退相干和主方程等复杂物理过程。用户可以进行时间演化模拟、计算纠缠度和熵，并将结果在相空间或布洛赫球上可视化，是理论物理研究和学术教育的理想工具。
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React设计系统代码生成器

rayden-code
sickn33/antigravity-awesome-skills
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本工具用于使用指定的Rayden UI组件库和Tailwind CSS，生成符合生产标准的React界面代码。它确保生成的代码严格遵守设计系统规范，涵盖了组件使用、设计令牌、属性校验和布局模式。非常适用于搭建仪表盘、登录表单、数据表格等复杂页面，保证界面美观和一致性。
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RDKit化学信息学分子工具包

rdkit
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RDKit是一个功能强大的开源化学信息学库，提供全面的Python API，用于分子结构分析和操作。它支持读取和写入多种分子格式（如SMILES、SDF），计算理化描述符、指纹图谱，并执行子结构搜索、立体化学分析等。该工具集是药物发现、计算化学和材料科学研究的关键资源。
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单细胞RNA测序分析

scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个功能全面的Python工具包，用于执行从原始数据到最终细胞类型注释的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析。它支持质量控制（QC）、数据标准化、降维（PCA/UMAP/t-SNE）、细胞聚类和差异基因表达分析等全流程。用户可以使用内置的脚本处理多种格式的数据，生成高质量的生物学图谱和注释报告。
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科学图表和示意图生成器

scientific-schematics
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该技能是一款强大的AI工具，专为将复杂的科学概念转化为出版级别的视觉示意图。它使用Nano Banana 2 AI生成，并由Gemini 3.1 Pro Preview进行严格的质量审核。擅长生成神经网络架构图、生物学通路、系统流程图等，并通过智能迭代机制，确保图形质量符合期刊、海报等不同文档类型的标准。
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生物信息学数据分析工具

scikit-bio
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这是一个全面的Python生物信息学工具包，用于处理和分析生物学数据。核心功能包括DNA/RNA/蛋白质序列操作、配对和多重序列比对、构建和分析系统发育树，以及计算Alpha/Beta多样性等生态学指标。适用于微生物组学分析、进化学研究和各种生物数据处理，支持FASTA、Newick等标准格式。
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单细胞RNA速度轨迹分析

scvelo
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scVelo是一个用于单细胞RNA测序数据的RNA速度分析工具包。它通过建模mRNA剪接的动力学过程（利用未剪接与剪接mRNA的丰度比值），来推断细胞群体的状态转变和发育轨迹。该方法无需时间序列数据，即可预测细胞命运，是生物信息学和发育生物学研究中的关键工具。
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单细胞组学生成模型工具箱

scvi-tools
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这是一个基于深度生成模型和变分推断的综合性Python框架，用于先进的单细胞组学分析。它支持单细胞RNA-seq、ATAC-seq、CITE-seq以及空间转录组等多种多模态数据的深度整合与分析。核心功能包括概率批次校正、细胞类型注释和多组学整合。
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综合统计分析工具

statistical-analysis
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提供从假设检验到专业报告的完整统计分析流程。支持选择合适的统计模型（如t检验、方差分析、回归分析），自动检查数据假设，计算效应量，并生成符合APA格式的学术报告，适用于学术研究和深入的数据探索。
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