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Opentrons协议自动化集成
opentrons-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
421
提供官方 Opentrons Protocol API v2 接口,支持在 OT-2 与 Flex 机器人上编写 Python 协议,自动化液体处理、模块控制、上样板配置与复杂移液流程,并在执行前模拟测试。
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PathML 病理计算工具包
pathml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
285
PathML 是用于计算病理的 Python 工具集,支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练,方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。
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硬件无关量子机器学习
pennylane
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
123
硬件无关的量子机器学习框架,支持量子电路自动微分、混合量子/经典模型训练与 PyTorch、JAX、TensorFlow 集成,并可在 IBM/Google/Rigetti/IonQ 等平台切换。
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Protocols.io科学协议自动化集成
protocolsio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
58
本技能提供与Protocols.io API v3的完整编程集成,用于管理科学协议的整个生命周期。用户可以使用它来搜索、创建、更新和发布科学协议,管理实验步骤和材料,支持团队协作开发,组织工作空间,并进行实验跟踪。适用于构建自动化实验室流程和科学文档系统。
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高性能强化学习框架
pufferlib
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
191
PufferLib是一个高性能的强化学习框架,专为大规模、高速的RL训练和仿真而设计。它通过优化的向量化和原生多智能体支持,实现了每秒数百万步的训练速度,极大地提升了RL研究和应用效率,适用于单智能体和多智能体环境的构建与训练。
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PyDESeq2 差异表达分析
pydeseq2
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
296
PyDESeq2 将 DESeq2 差异表达流程搬到 Python 中,可加载批量 RNA-seq 计数、设定设计公式、拟合模型、执行 Wald 检验并做 FDR 校正,支持 apeGLM 收缩及与 pandas/AnnData 流程衔接,便于导出基因级统计结果。
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DICOM 医疗影像工具
pydicom
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
206
Pydicom 提供 Python 接口,方便读取、写入和修改 DICOM 医疗影像文件,支持像素提取、元数据管理、匿名化、格式转换以及与 PACS 流程的集成,适用于医学影像分析和放射科应用。
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医疗健康人工智能工具
pyhealth
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
387
PyHealth 提供面向临床的全流程 Python 工具,支持加载 MIMIC/eICU/OMOP 等医疗数据、处理 ICD/NDC/ATC 编码、训练 RETAIN/SafeDrug/Transformer 等深度模型,方便研发、评估与部署医疗 AI 解决方案。
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Python实验室机器人自动化框架
pylabrobot
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
248
PyLabRobot是一个纯Python、厂商无关的实验室自动化开发工具包。它提供了一个统一的接口,用于控制各种实验室设备,如液体处理机器人(Hamilton, Opentrons, Tecan)、读板机、泵、摇架和培养箱。适用于构建复杂、多设备、可复现的自动化实验流程,并支持离线仿真。
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材料结构分析工具
pymatgen
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一个面向计算材料科学的 Python 库,可创建/转换晶体结构、计算相图与电子结构,分析对称性与配位并接入 Materials Project API,支持高通量工作流。
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Pymoo 多目标优化框架
pymoo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Python 框架,集成 NSGA-II/III、MOEA/D 等多目标与约束优化算法,支持基准问题、定制算子与帕累托前沿可视化,适合工程设计与多方案决策。
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PyOpenMS 质谱分析平台
pyopenms
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PyOpenMS 通过 Python 封装 OpenMS,支持 mzML 等格式读取、信号处理、特征和肽段/蛋白鉴定、定量及代谢组分析等质谱计算流程。
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