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扩散分子对接位点预测

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DiffDock 采用扩散深度学习预测蛋白-小分子结合构象与置信度，支持单个或批量虚拟筛选，辅助结构基础药物设计。

ESM 蛋白质建模工具集

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融合 ESM3 与 ESM C 蛋白质语言模型，支持生成序列、预测结构、功能条件化、提取嵌入，可通过本地部署或 Forge API 完成蛋白结构与设计任务。

系统发育树工具包

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一个用于系统发育树分析的套件，支持树结构操作、进化事件检测、NCBI分类学集成以及 PDF/SVG 等可视化，适合系统发育组学与基因家族研究。

Python流体动力学模拟框架

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FluidSim是一个高性能的Python对象框架，用于进行计算流体动力学（CFD）模拟。它支持2D/3D纳维-斯托克斯方程、浅水流和分层流等复杂流体模拟。该框架结合了伪谱法、FFT和MPI并行计算，在保持Python易用性的同时，提供了媲美编译语言的科学计算精度，适用于科研和工业流程分析。

基因组区间机器学习工具包

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Geniml是一个专为基因组区间数据（如BED文件）设计的Python工具包。它提供多种机器学习方法，如Region2Vec和BEDspace，用于学习基因组区域、单细胞数据和元数据的嵌入向量。该工具包支持维度降低、聚类分析、相似性搜索和构建共识参考峰集，是生物信息学和基因组学分析的强大辅助工具。

GeoMaster地球观测套件

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GeoMaster 提供遥感、GIS、空间分析与机器学习的全面能力，支持卫星影像、矢量/栅格处理、点云、地形与水文建模，并兼容云原生流程，适用于各类地球观测与地理计算任务。

GeoPandas 空间分析库

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GeoPandas 基于 pandas 和 shapely，处理地理矢量数据（SHP/GeoJSON/GeoPackage/PostGIS），支持坐标系转换、空间连接、叠置、缓冲、面积距离计算及静态与交互式地图，适用于各类空间分析流程。

生物信息学工作流平台

latchbio-integration

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这是一个基于Python的生物信息学工作流开发和部署平台。它允许用户使用装饰器定义服务器无状态管线，支持Python、Nextflow和Snakemake等多种格式。核心功能包括云数据管理、资源配置（GPU/CPU）以及运行预设的复杂分析，适用于基因组学和蛋白质结构预测等大规模计算任务。

AI 代理技能管理

rohitg00/awesome-claude-code-toolkit

通过命令行统一管理 Cursor、Claude 等 11 个工具的技能与规则，支持创建、复制、移动、启用/禁用、搜索、跨工具转换以及全局与项目作用域覆盖操作。

OMERO显微镜数据集成

omero-integration

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通过 OMERO Python API 管理显微镜数据：访问项目/数据集/图像、分析像素、运维 ROI 与注释、保存表格结果，并支持高内涵筛选的批处理自动化流程。

开放笔记本研究中心

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开源自托管的研究平台，可替代NotebookLM，支持多源内容摄取、AI笔记、上下文对话、向量检索和多说话人播客生成，还提供REST API便于自动化。

Opentrons协议自动化集成

opentrons-integration

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提供官方 Opentrons Protocol API v2 接口，支持在 OT-2 与 Flex 机器人上编写 Python 协议，自动化液体处理、模块控制、上样板配置与复杂移液流程，并在执行前模拟测试。

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