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ChEMBL 生物活性查询
chembl-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
260
通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据,按结构/性质/活性过滤,支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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学术引文管理器
citation-management
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
230
通过 Scholar 和 PubMed 搜索文献、提取完整元数据、校验引用并生成格式化 BibTeX,帮助科研写作保持引用准确。
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临床试验数据库查询
clinicaltrials-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
324
通过 ClinicalTrials.gov API v2 按疾病、药物、地点、赞助商或状态查询试验,按 NCT 编号提取详细数据并导出用于研究分析、患者匹配或试验监控。
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ClinPGx 药物基因组数据库
clinpgx-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
210
通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据,支持个体化用药与临床决策。
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ClinVar 变异临床意义查询
clinvar-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
442
查询ClinVar数据库以获取变异临床意义,通过网页/API访问、FTP批量下载并注释VCF,辅助基因组医学解读。
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COSMIC癌症突变数据访问
cosmic-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
111
通过认证获取COSMIC癌症突变数据,包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变,支撑生信分析与精准肿瘤研究。
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Dask 大数据并行处理
dask
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395
Dask 是 Python 库,通过并行化 DataFrame、Array、Bag 以及自定义任务,把 pandas/NumPy 工作流扩展到超出内存的规模,可在多核或集群上完成 ETL、日志处理和分布式 ML。
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Data Commons 客户端
datacommons-client
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
156
提供 Data Commons 的 Python 客户端,可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据,并结合 Pandas 处理观测记录,适合探索知识图谱中的统计关系。
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分子机器学习工具集
deepchem
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229
DeepChem 是面向化学与生物的 Python 机器学习库,提供分子特征化、数据加载、拆分和模型训练能力,可快速用于属性、毒性、蛋白质或材料性质预测。
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NGS 数据可视化利器
deeptools
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deepTools 提供命令行 Python 工具链,可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC(指纹、相关、PCA)、比对样本,并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化,支持常见流程模板。
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Denario科研流程助手
denario
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201
Denario通过多智能体协作,自动化科研流程,从数据洞察、方法构建到计算实验和LaTeX论文生成,全程支撑研究交付。
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DNAnexus 云基因组集成
dnanexus-integration
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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流,并使用 dxpy 自动化脚本,支撑生物医学流水线。
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