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AI智能体自进化引擎
capability-evolver
EvoMap/evolver
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Evolver是一款为AI智能体设计的自进化引擎。它能深入分析运行时的历史记录,识别性能缺陷和效率低点,并自主编写和应用改进方案。其架构通过本地代理信箱(Proxy Mailbox)与EvoMap Hub进行安全通信,适用于构建高度自适应、持续迭代的智能系统。
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代谢模型与系统生物学分析
cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
137
COBRApy是一个强大的Python库,用于约束性重构与分析(COBRA)。它支持进行代谢模型的构建、模拟和分析,特别适用于系统生物学研究。核心功能包括通量平衡分析(FBA)、通量变异分析(FVA)、基因或反应缺失突变体模拟,以及优化生长培养基。支持SBML、JSON、YAML等多格式代谢模型。
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DNAnexus基因组学云平台集成
dnanexus-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
362
这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集(如FASTQ, BAM, VCF)到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。
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FlowIO:流式细胞术文件解析处理
flowio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
222
这是一个轻量级的Python库,用于处理流式细胞术标准文件(FCS)。它能够解析复杂的元数据,高效地将事件数据提取为NumPy数组,并支持创建新的FCS文件。适用于进行细胞流式数据预处理、构建数据管道和文件格式转换。
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基因组区间分析与处理工具
gtars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包,基于Rust开发并提供Python绑定。它专为处理基因组区间数据而设计,功能包括重叠区域检测、覆盖度轨道生成(WIG/BigWig)、用于机器学习模型的基因组序列Tokenization,以及单细胞基因组学中的片段分析。适用于构建复杂的生物信息学分析流程。
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科学假设生成
hypothesis-generation
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
329
本工具是一个遵循科学方法论的系统化流程,用于从观察或初步数据中构建可检验的科学假设。它指导用户完成文献综述、证据综合、提出竞争性假设和设计实验等全过程,尤其强调必须结合AI生成的科学图表来完善假设报告。
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生物数据谱系湖仓管理系统
lamindb
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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LaminDB是一个开源的、原生支持谱系追踪的湖仓,专为复杂的生物学数据集和模型设计。它提供统一的功能,用于查询、追踪数据血缘、验证模式,并确保数据符合FAIR标准。适用于管理多模态基因组数据、追踪计算工作流程(如Nextflow),或构建可靠、可重复的生物信息学数据基础设施。
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生物信息学流程构建与部署
latchbio-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Latch是一个强大的Python框架,专用于构建、部署和管理大规模、可扩展的生物信息学工作流。它支持将复杂的分析流程(如RNA-seq、AlphaFold等)作为无服务器管道运行,并集成了云数据管理和精细化的资源配置(GPU、CPU)。特别适合需要复现性、高可靠性的生物数据分析项目。
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Matplotlib:Python科学绘图库
matplotlib
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Matplotlib是Python核心的可视化库,用于创建高度定制化的静态、动态和交互式图表。它支持多种图表类型(如折线图、散点图、热力图、3D图),提供面向对象和pyplot两种接口。适用于科研数据分析、生成高质量出版物图表以及构建复杂的子图布局。
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分子动力学模拟与分析
molecular-dynamics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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本技能提供完整的分子动力学(MD)模拟流程,利用OpenMM等高性能工具模拟生物大分子在时间上的演变。其覆盖了系统构建、能量最小化、平衡化以及结构分析(如RMSD、自由能计算)等关键步骤。特别适用于结构生物学、药物结合模式研究和生物物理学分析。
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分子特征化与机器学习
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Molfeat是一个全面的分子特征化工具包,用于将化学结构(如SMILES)转化为机器学习所需的数值表示。它集成了超过100种特征计算器(包括ECFP、MACCS和预训练模型),广泛应用于QSAR药物设计、虚拟筛选和深度学习模型构建,是化学信息学领域的核心工具。
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计算病理学全流程分析工具包
pathml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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PathML是一个全面的计算病理学Python工具包,专为全流程病理图像分析设计。它支持加载160多种专有WSI格式,并提供从 stain 归一化、细胞核分割到构建空间图谱等核心功能。特别适用于多重免疫荧光和空间蛋白质组学的深度学习模型训练与大规模生物医学图像分析。
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