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Denario科研流程助手

denario
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Denario通过多智能体协作，自动化科研流程，从数据洞察、方法构建到计算实验和LaTeX论文生成，全程支撑研究交付。
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DNAnexus 云基因组集成

dnanexus-integration
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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。
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ENA序列访问

ena-database
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通过 REST 接口或 FTP 访问欧洲核苷酸档案库，快速获取 DNA/RNA 序列、原始读段、组装体、注释和分类信息，便于科研或生信流水线集成。
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Ensembl基因组数据库接口

ensembl-database
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通过 Ensembl REST API 获取 250+ 物种的基因注释、序列、变异、同源基因及装配坐标映射，便于整合入基因组研究流程。
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FlowIO 流式细胞标准文件处理

flowio
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FlowIO 读写 Flow Cytometry Standard 文件，提取元数据、通道信息与事件数组，并可转换为 CSV/DataFrame，适用于流式细胞术数据预处理与通道校验。
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FluidSim 计算流体框架

fluidsim
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FluidSim 是基于 Python 的高性能计算流体力学框架，提供 Navier-Stokes、浅水与分层流的伪谱求解器，集成 FFT、MPI 及输出分析/可视化，适用于湍流、涡旋与地球流体模拟。
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基因组区间嵌入

geniml
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Geniml面向BED及scATAC-seq数据，用机器学习学习区域、元数据和细胞嵌入，支持相似度搜索、聚类、共识峰构建等基因组区间分析流程。
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GeoPandas 空间分析库

geopandas
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GeoPandas 基于 pandas 和 shapely，处理地理矢量数据（SHP/GeoJSON/GeoPackage/PostGIS），支持坐标系转换、空间连接、叠置、缓冲、面积距离计算及静态与交互式地图，适用于各类空间分析流程。
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基因组区间工具库

gtars
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高性能 Rust 工具库（含 Python 绑定），面向基因组区间分析，支持重叠检测、覆盖轨道、ML 标记化、参考序列管理、片段拆分与评分等常见测序数据流程。
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GWAS目录访问

gwas-database
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通过 GWAS 目录网页或 REST 接口查询 SNP 与性状关联，获取研究、变异、性状信息及统计结果，支撑遗传流行病学与多基因风险模型研究。
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OFR对冲基金监控

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无需密钥即可调用OFR对冲基金开放接口，获取规模、杠杆、对手方、流动性与风险管理等系列时间数据，适合系统性风险监测与金融研究。
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Histolab 全切片瓦片处理

histolab
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Histolab 为全切片图像提供自动化组织检测、瓦片抽取和染色标准化，方便快速构建数据集和进行瓦片级分析，适用于轻量化病理图像处理流程。
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