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PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 将 DESeq2 差异表达流程搬到 Python 中，可加载批量 RNA-seq 计数、设定设计公式、拟合模型、执行 Wald 检验并做 FDR 校正，支持 apeGLM 收缩及与 pandas/AnnData 流程衔接，便于导出基因级统计结果。

DICOM 医疗影像工具

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Pydicom 提供 Python 接口，方便读取、写入和修改 DICOM 医疗影像文件，支持像素提取、元数据管理、匿名化、格式转换以及与 PACS 流程的集成，适用于医学影像分析和放射科应用。

医疗健康人工智能工具

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PyHealth 提供面向临床的全流程 Python 工具，支持加载 MIMIC/eICU/OMOP 等医疗数据、处理 ICD/NDC/ATC 编码、训练 RETAIN/SafeDrug/Transformer 等深度模型，方便研发、评估与部署医疗 AI 解决方案。

Python实验室机器人自动化框架

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PyLabRobot是一个纯Python、厂商无关的实验室自动化开发工具包。它提供了一个统一的接口，用于控制各种实验室设备，如液体处理机器人（Hamilton, Opentrons, Tecan）、读板机、泵、摇架和培养箱。适用于构建复杂、多设备、可复现的自动化实验流程，并支持离线仿真。

材料结构分析工具

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一个面向计算材料科学的 Python 库，可创建/转换晶体结构、计算相图与电子结构，分析对称性与配位并接入 Materials Project API，支持高通量工作流。

PyOpenMS 质谱分析平台

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PyOpenMS 通过 Python 封装 OpenMS，支持 mzML 等格式读取、信号处理、特征和肽段/蛋白鉴定、定量及代谢组分析等质谱计算流程。

Pysam基因组分析工具

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Pysam 提供 htslib 的 Python 接口，可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，便于提取区域、计算覆盖、分析变异，并支持 NGS 流水线集成。

云原生分子建模工作流平台

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Rowan 通过 Python 接口提供 pKa 预测、构象/互变异构体生成、对接、蛋白-配体共折叠与描述符等云原生分子建模能力，适合批量化学筛选与多步骤管道，无需本地高性能集群。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包，用于处理单细胞 RNA-seq 数据，包含质控、归一化、降维、聚类、标志基因识别、细胞类型注释及高质量可视化，适用于 h5ad/10X/CSV 格式。

学术评估框架

scholar-evaluation

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该技能运用 ScholarEval 框架对学术成果的选题、方法、数据、分析、写作及引用等维度进行结构化评分，输出优劣点与改善建议，并推荐可视化流程图以增强评估表达。

科研演示幻灯片制作

scientific-slides

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提供科研报告幻灯片流程，从结构策划、图表附加到引用管理，兼容 PowerPoint 和 LaTeX Beamer，提高视觉一致性与说服力。

Scikit-learn 机器学习工具

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提供 scikit-learn 机器学习全流程指导，涵盖监督/无监督算法、预处理、评估、超参数调优与流水线搭建，方便快速交付可解释的模型。

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