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搜索生物信息学，共找到 16 条记录

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系统发生树重建与分析工具包

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这是一个完整的系统发生学分析流程，用于重建生物序列（基因、蛋白质）的进化关系。流程涵盖了从多序列比对（MAFFT）到最大似然树构建（IQ-TREE 2），再到可视化和分析（ETE3）的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。

UniProt蛋白质数据库查询与分析

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用于访问和查询UniProt蛋白质数据库，这是蛋白质序列和功能信息领域的权威资源。支持通过名称、基因或访问号搜索蛋白质，检索FASTA格式序列，实现跨数据库ID映射（如Ensembl, RefSeq），并分析GO术语等功能注释，是生物信息学数据分析的核心工具。

Biopython 生物信息学工具包

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Biopython 是一个综合性的 Python 分子生物学工具包，用于序列操作、文件解析（FASTA/GenBank/PDB）、系统发育分析以及通过 Entrez 编程访问 NCBI/PubMed。适用于批量处理、自定义生物信息学流程和 BLAST 自动化。

生物信息多数据库Python接口

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统一的 Python 接口访问 40+ 生物信息学数据库与服务，支持跨库查询、ID 映射、序列比对和通路分析，适合整合多来源生物数据的工作流。

DeepTools 高通量测序分析工具包

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DeepTools 是一套用于处理和分析高通量测序数据的 Python 命令行工具套件。它支持质量控制、数据归一化、样本比较以及生成 ChIP-seq、RNA-seq 和 ATAC-seq 实验的出版级可视化图表。主要功能包括 BAM 转 bigWig、评估测序深度、生成基因组特征周围的热图及相关性分析。适用于需要基因组数据处理和可视化的生物信息学工作流。

Geniml基因组机器学习工作流

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Geniml用于基因组区间集的机器学习工作流，验证BED文件、模型兼容性，规划Region2Vec/scEmbed运行，本地检查tokenizer和共识宇宙，无需网络请求。需要Python 3.10+和uv进行可复现的生物信息学ML流程。

Latch 生信工作流集成

latchbio-integration

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在 Latch 平台上使用 Python SDK、CLI、Nextflow、Snakemake、Latch Data、Registry 和 MCP 构建、注册、调试与运行生物信息学工作流，涵盖资源配置、数据管理、界面表单和任务监控。

Python基因组文件处理

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Python基因组文件处理库，支持读取、查询、过滤和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ等格式，提供pileup、覆盖度分析、索引和CRAM参考操作功能。适用于需要低级别流式访问基因组数据的生物信息学工作流。

scikit-bio 生物信息学工具包

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用于生物数据分析的 Python 工具包，支持生物序列读写与操作、成对及多序列比对、系统发育树构建、α/β 多样性与 UniFrac 距离、PCoA 排序分析、PERMANOVA 等统计检验，以及 FASTA/Newick/BIOM 格式读写，广泛用于微生物组与群落生态研究。

Pacsomatic 肿瘤分析工作流工具

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该技能自动化 nf-core/pacsomatic 流程，用于从 BAM 文件进行配对肿瘤 - 正常变异分析。它处理输入验证、样本表生成、预运行检查及向 Slurm 等调度器提交。适用于可重复的生物信息学分析执行和流程故障排查。

Nextflow数据管道开发

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构建、运行和调试Nextflow数据管道与nf-core工作流。支持可复现的科学/生物信息学工作流，可扩展至HPC/云，并使用nf-test测试模块。

基因组坐标转换与标准化

genomic-coordinates

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转换基因组区间格式（如 BED、VCF、GFF），处理 0 基和 1 基约定。标准化变异、对齐插入缺失并检测组装不匹配，防止分析错误。适用于需要跨不同基因组构建和文件类型进行精确坐标映射的生物信息学流程。

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