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蛋白建模
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ESM 蛋白质建模工具集
esm
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
476
融合 ESM3 与 ESM C 蛋白质语言模型,支持生成序列、预测结构、功能条件化、提取嵌入,可通过本地部署或 Forge API 完成蛋白结构与设计任务。
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云原生分子建模工作流平台
rowan
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
489
Rowan 通过 Python 接口提供 pKa 预测、构象/互变异构体生成、对接、蛋白-配体共折叠与描述符等云原生分子建模能力,适合批量化学筛选与多步骤管道,无需本地高性能集群。
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分子动力学模拟流程
molecular-dynamics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
120
本技能提供分子动力学模拟的完整工作流程,涵盖了系统构建、势场定义、能量最小化和平衡化过程。使用OpenMM和MDAnalysis等专业工具,适用于蛋白质结构稳定性分析、药物结合建模及生物物理学研究。
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药物发现与分子科学工具箱
torchdrug
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
457
TorchDrug是一个专业的PyTorch工具箱,专注于药物发现和分子科学的AI计算。它利用图神经网络(GNNs)处理分子、蛋白质和生物知识图谱,支持分子性质预测、蛋白质结构建模、新分子生成以及化学合成路线规划等复杂任务,是生物医学AI研究的核心库。
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云原生分子建模工作流平台
rowan
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
430
Rowan是一个基于云原生架构的综合性分子模拟和药物化学平台。它通过Python API提供统一接口,用于实现复杂的药物发现工作流,包括pKa预测、构象搜索、分子对接(单体和类似物系列)、蛋白质-配体共折叠和分子动力学模拟。用户无需维护本地高性能计算或GPU资源,即可进行大规模、可编程的批处理筛选。
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