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Adaptyv 蛋白质实验平台
adaptyv
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
212
引导如何使用 Adaptyv Bio Foundry API 与 Python SDK 设计蛋白实验、提交序列、自动化流程,并获取 BLI/SPR 与热稳定性等检测结果,适合需要采集实验数据的开发者与科研人员。
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AlphaFold结构访问
alphafold-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
470
通过 UniProt 编号获取 AlphaFold 预测的蛋白质结构,下载 mmCIF/PDB 文件,分析 pLDDT/PAE 置信度,并用于结构分析或药物研发流程。
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分子机器学习工具集
deepchem
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
229
DeepChem 是面向化学与生物的 Python 机器学习库,提供分子特征化、数据加载、拆分和模型训练能力,可快速用于属性、毒性、蛋白质或材料性质预测。
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ESM 蛋白质建模工具集
esm
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
476
融合 ESM3 与 ESM C 蛋白质语言模型,支持生成序列、预测结构、功能条件化、提取嵌入,可通过本地部署或 Forge API 完成蛋白结构与设计任务。
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TorchDrug 图神经工具集
torchdrug
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
296
TorchDrug 是基于 PyTorch 的图神经网络工具箱,针对分子、蛋白质与生物知识图谱,支持性质预测、生成、逆合成与知识图谱推理,并提供丰富数据集与预设模型方便定制。
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UniProt数据库接口
uniprot-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
275
通过 UniProt REST API 搜索蛋白质、获取 FASTA 与注释、执行 ID 映射并流式下载,适合 Python 工作流和批量分析。
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系统发生树重建与分析工具包
phylogenetics
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
275
这是一个完整的系统发生学分析流程,用于重建生物序列(基因、蛋白质)的进化关系。流程涵盖了从多序列比对(MAFFT)到最大似然树构建(IQ-TREE 2),再到可视化和分析(ETE3)的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。
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Adaptyv 蛋白质实验平台
adaptyv
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
103
引导如何使用 Adaptyv Bio Foundry API 与 Python SDK 设计蛋白实验、提交序列、自动化流程,并获取 BLI/SPR 与热稳定性等检测结果,适合需要采集实验数据的开发者与科研人员。
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分子机器学习工具集
deepchem
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
212
DeepChem 是面向化学与生物的 Python 机器学习库,提供分子特征化、数据加载、拆分和模型训练能力,可快速用于属性、毒性、蛋白质或材料性质预测。
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ESM 蛋白质建模工具集
esm
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
479
融合 ESM3 与 ESM C 蛋白质语言模型,支持生成序列、预测结构、功能条件化、提取嵌入,可通过本地部署或 Forge API 完成蛋白结构与设计任务。
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系统发生树重建与分析工具包
phylogenetics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
172
这是一个完整的系统发生学分析流程,用于重建生物序列(基因、蛋白质)的进化关系。流程涵盖了从多序列比对(MAFFT)到最大似然树构建(IQ-TREE 2),再到可视化和分析(ETE3)的完整生命周期。适用于病毒动力学、微生物基因组学、分子时钟分析等前沿生物信息学研究。
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TorchDrug 图神经工具集
torchdrug
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
69
TorchDrug 是基于 PyTorch 的图神经网络工具箱,针对分子、蛋白质与生物知识图谱,支持性质预测、生成、逆合成与知识图谱推理,并提供丰富数据集与预设模型方便定制。
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