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搜索表达分析，共找到 11 条记录

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Arboreto基因调控网络

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Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。

CELLxGENE普查查询助手

cellxgene-census

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通过程序化接口访问CZ CELLxGENE 61M+细胞数据，按组织、疾病及细胞类型查询表达、元数据、嵌入与统计，便于与scanpy或模型流程结合开展大规模分析。

COSMIC癌症突变数据访问

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通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。

GEO基因表达提取器

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连接NCBI GEO仓库，通过Entrez搜索GSE/GSM/GPL/Profiles，获取基因表达数据、实验设计和矩阵文件，配合GEOparse下载分析所需的转录组资料。

PyDESeq2 差异表达分析

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PyDESeq2 将 DESeq2 差异表达流程搬到 Python 中，可加载批量 RNA-seq 计数、设定设计公式、拟合模型、执行 Wald 检验并做 FDR 校正，支持 apeGLM 收缩及与 pandas/AnnData 流程衔接，便于导出基因级统计结果。

Reactome 通路分析助手

reactome-database

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调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。

学术评估框架

scholar-evaluation

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该技能运用 ScholarEval 框架对学术成果的选题、方法、数据、分析、写作及引用等维度进行结构化评分，输出优劣点与改善建议，并推荐可视化流程图以增强评估表达。

单细胞生成建模工具集

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基于 PyTorch 的单细胞组学概率生成模型框架，统一 API 支持批次校正、数据整合、多模态/空间分析、差异表达与迁移学习，适合高级建模流程。

cBioPortal癌症基因组数据

cbioportal-database

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通过 cBioPortal REST API 查询 TCGA、GENIE 等肿瘤研究的突变、拷贝数、表达和生存数据，可用于癌基因验证、共突变模式分析与临床变量关联研究。

论文自动润色循环

auto-paper-improvement-loop

wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep

自动使用 GPT-5.4 分析已编译论文，按优先级实施修复，并重新编译两轮，从论点、引用和表达上持续提升写作质量，与常规写作流程配合使用。

Napkin 可视化白板协作

github/awesome-copilot

Napkin 为 Copilot CLI 提供浏览器白板，让律师、产品经理等通过绘图和便签表达想法，Copilot 读取截图与 JSON 内容，回馈分析、建议与后续步骤。

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