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DeepTools：NGS数据分析工具包

deeptools
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
427
deepTools是一个全面的命令行工具包，用于处理和分析高通量测序数据。它支持ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq等多种NGS实验类型。核心功能包括将BAM文件转换为归一化覆盖度轨道（bigWig），执行质量控制（QC），进行样本关联分析，并生成用于学术发表的热图和谱图等高质量可视化结果。
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DNAnexus基因组学云平台集成

dnanexus-integration
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这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集（如FASTQ, BAM, VCF）到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。
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基因组区间分析与处理工具

gtars
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Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包，基于Rust开发并提供Python绑定。它专为处理基因组区间数据而设计，功能包括重叠区域检测、覆盖度轨道生成（WIG/BigWig）、用于机器学习模型的基因组序列Tokenization，以及单细胞基因组学中的片段分析。适用于构建复杂的生物信息学分析流程。
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LaTeX学术研究海报制作指南

latex-posters
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本指南全面指导用户使用LaTeX创建专业、高质量的学术研究海报。内容覆盖学术布局、排版和色彩方案的最佳实践。更重要的是，它为AI生成视觉元素提供了严格的指导原则，强调内容极简、高对比度和低密度，确保海报的视觉传达效果达到最佳。
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AI 代理技能管理

manage-skills
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通过命令行统一管理 Cursor、Claude 等 11 个工具的技能与规则，支持创建、复制、移动、启用/禁用、搜索、跨工具转换以及全局与项目作用域覆盖操作。
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分子动力学模拟与分析

molecular-dynamics
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本技能提供完整的分子动力学（MD）模拟流程，利用OpenMM等高性能工具模拟生物大分子在时间上的演变。其覆盖了系统构建、能量最小化、平衡化以及结构分析（如RMSD、自由能计算）等关键步骤。特别适用于结构生物学、药物结合模式研究和生物物理学分析。
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神经记录数据分析流程

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这是一个为神经像素高密度电生理记录设计的端到端分析工具包。它基于SpikeInterface的最佳实践，覆盖了完整的分析工作流：包括数据加载（如SpikeGLX, NWB）、预处理、运动/漂移校正、尖峰排序（如Kilosort4）、计算质量指标和精细的单元精修。适用于神经科学研究。
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基因组数据处理与分析

pysam
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Pysam是一个专业的基因组数据处理Python模块。它提供了一个Python接口，用于读写和操作主流基因组格式，包括BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列。广泛应用于基因组测序分析、变异检测、覆盖度计算以及构建复杂的生物信息学流程。
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科学与公共数据库检索

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K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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该技能提供连接78个公共REST API，覆盖生物医学、化学、材料科学、物理学和经济学等多个领域。用户可以查询基因、蛋白质、化合物、临床试验、专利和环境数据，是进行深度学术研究和跨学科数据分析的必备工具。
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证据驱动的完成状态验证

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gotalab/cc-sdd
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本技能用于严格验证所有完成状态的声明（如任务完成、Bug修复或功能上线）。它通过要求最新的、多维度的证据链来防止虚假宣布。必须结合完整的测试套件结果、覆盖率报告、集成状态等，才能宣布某项工作已达到“可上线”状态。
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VS Code 扩展开发指南

vscode-extension-guide-en
sickn33/antigravity-awesome-skills
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本指南全面覆盖了 VS Code 扩展的整个开发生命周期，从项目初始化搭建到最终发布到 Marketplace。内容详细涵盖了 Webview、TreeView 组件的实现、安全配置、测试流程、VSIX 打包和常见问题排查的最佳实践。
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苹果备忘录自动化故障排查手册

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jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills
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本运行手册专门用于处理macOS环境下Apple Notes自动化流程的故障。它提供了从检测、诊断到修复和验证的完整步骤，覆盖了应用崩溃、iCloud同步卡顿、TCC权限丢失以及数据库损坏等核心问题，确保本地自动化流程的稳定运行。
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