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BambooHR 自动化工具包

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davepoon/buildwithclaude

通过 Composio 的 Rube MCP 工具包自动化 BambooHR 的人事操作，可查询员工名录、同步变更、管理休假、更新档案及处理受抚养人与福利，使用前始终先确认当前工具架构。

NGS 数据可视化利器

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deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。

DNAnexus 云基因组集成

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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。

Pysam基因组分析工具

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Pysam 提供 htslib 的 Python 接口，可读写 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，便于提取区域、计算覆盖、分析变异，并支持 NGS 流水线集成。

Polars Bio基因组工具

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polars-bio 依托 Polars、Arrow 与 DataFusion，提供高性能基因组区间运算、BED/VCF/BAM/CRAM/GFF/FASTA 等生信文件读写、SQL 查询及流式处理，适合云存储与大文件场景，可替代 bioframe。

BambooHR 自动化工具

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sickn33/antigravity-awesome-skills

在 Rube MCP 上通过 Composio BambooHR 工具集自动化员工、请假、福利、受抚养人及资料更新流程，前置连接与模式查询。

DeepTools：NGS数据分析工具包

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deepTools是一个全面的命令行工具包，用于处理和分析高通量测序数据。它支持ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq等多种NGS实验类型。核心功能包括将BAM文件转换为归一化覆盖度轨道（bigWig），执行质量控制（QC），进行样本关联分析，并生成用于学术发表的热图和谱图等高质量可视化结果。

DNAnexus基因组学云平台集成

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这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集（如FASTQ, BAM, VCF）到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。

综合科学数据探索分析

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适用于分析任何专业的科学数据文件。支持超过200种主流格式，涵盖化学、生物信息学、显微成像、光谱学等多个领域。它能够自动识别文件类型，评估数据质量和结构，并生成详细的Markdown报告，为用户提供深入的洞察和后续分析建议。

基因组数据操作与分析

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这是一个基于Polars的高性能基因组数据处理库。它支持核心区间运算（如重叠、合并、互补）以及主流生物信息学文件格式（如VCF、BAM、BED、GFF）的读写。特别适用于处理超大型、无法一次性加载到内存的基因组数据集，支持流式和云端存储I/O。

基因组数据处理与分析

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

Pysam是一个专业的基因组数据处理Python模块。它提供了一个Python接口，用于读写和操作主流基因组格式，包括BAM/CRAM比对文件、VCF/BCF变异文件和FASTA/FASTQ序列。广泛应用于基因组测序分析、变异检测、覆盖度计算以及构建复杂的生物信息学流程。

BambooHR CI/CD 自动化集成

bamboohr-ci-integration

jeremylongshore/claude-code-plugins-plus-skills

本技能用于配置与 BambooHR 集成的完整 CI/CD 流程。它指导开发者如何使用 GitHub Actions 设置自动化测试（单元测试和集成测试）、管理敏感密钥，并确保开发流程中的 API 健康检查和代码质量。

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