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搜索 ChIP-seq ，共找到 5 条记录

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NGS 数据可视化利器

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。

JASPAR转录因子结合位点工具

jaspar-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

通过调用 JASPAR API 和 Python 工具，获取 TF 结合模型、将 PFM 转为 PWM 并在 DNA 序列中扫描高置信度的结合位点，辅助调控变异注释、ChIP/ATAC 解读及转录因子网络构建。

DeepTools 高通量测序分析工具包

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

DeepTools 是一套用于处理和分析高通量测序数据的 Python 命令行工具套件。它支持质量控制、数据归一化、样本比较以及生成 ChIP-seq、RNA-seq 和 ATAC-seq 实验的出版级可视化图表。主要功能包括 BAM 转 bigWig、评估测序深度、生成基因组特征周围的热图及相关性分析。适用于需要基因组数据处理和可视化的生物信息学工作流。

《植物细胞》投稿评估指南

brycewang-stanford/Awesome-Journal-Skills

本指南帮助作者评估其植物分子或细胞生物学研究是否达到《植物细胞》期刊要求的机制深度和实验严谨性。内容涵盖了所需的科研范围（如激素信号、胁迫响应）、严格的证据标准（如共免疫沉淀、ChIP-seq）以及投稿结构指南，用于提高投稿质量和适用性。

AlphaGenome 变异效应评分

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

查询 AlphaGenome Atlas 预计算数据或调用 AlphaGenome 模型，对人类 GRCh38 及小鼠单核苷酸变异进行打分，获取 AVI 影响分数、SHAP 特征归因及 RNA-seq、DNase、ATAC、ChIP、剪接、接触图等轨迹预测，用于非编码调控变异的优先级排序与机制解读。

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