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Arboreto基因调控网络

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

Arboreto利用GRNBoost2/GENIE3从批量或单细胞RNA-seq表达数据中推理转录因子与靶基因调控关系，支持TF筛选与Dask分布式运行，输出排序链接供后续分析。

Dask 大数据并行处理

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Dask 是 Python 库，通过并行化 DataFrame、Array、Bag 以及自定义任务，把 pandas/NumPy 工作流扩展到超出内存的规模，可在多核或集群上完成 ETL、日志处理和分布式 ML。

Zarr 云端数组存储

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Zarr 是一款 Python 工具，支持分块压缩、分片以及 NumPy/Dask/Xarray 兼容，适用于并行 I/O 和可扩展的云端科学计算流程。

用Arboreto推断基因调控网络

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Arboreto是一个强大的Python库，用于从各种基因表达数据集（包括bulk和scRNA-seq）推断基因调控网络（GRNs）。它利用GRNBoost2和GENIE3等高级机器学习算法，支持Dask的分布式计算，适用于分析大规模的转录组学数据。它可以帮助用户识别关键的转录因子-靶基因调控关系。

分布式大数据计算框架

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Dask是一个强大的Python库，用于处理超出内存限制或需要跨多机并行计算的大型数据集。它可以扩展传统的pandas和NumPy操作（DataFrame/Array），并处理非结构化数据（Bags）。适用于大规模数据抽取、转换、加载（ETL）、数据分析和分布式机器学习任务。

Zarr Python：大型科学数据存储

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Zarr是一个强大的Python库，用于高效存储和管理大型N维数组。它提供了分块、压缩和并行I/O等关键功能，非常适合构建云原生的科学计算数据管道。它完美地与NumPy、Dask和Xarray等主流科学计算库集成，并支持S3和GCS等云存储后端，用于处理海量科学数据。

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