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扩散分子对接位点预测

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

DiffDock 采用扩散深度学习预测蛋白-小分子结合构象与置信度，支持单个或批量虚拟筛选，辅助结构基础药物设计。

DiffDock蛋白配体对接

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

使用 DiffDock 和 DiffDock-L 预测蛋白质与小分子的结合构象，支持 PDB 或序列输入加 SMILES/SDF/MOL2，涵盖批量对接、构象筛选与置信度解读，不用于结合亲和力预测。

Tamarind 云端分子设计平台

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

通过 REST API 或 MCP 在 Tamarind Bio 托管云端 GPU 上运行开源分子设计与结构生物学工具：AlphaFold、Boltz、Chai 结构预测，RFdiffusion、ProteinMPNN 蛋白与结合体设计，抗体/纳米抗体设计，DiffDock 分子对接、结合亲和力预测、MSA 生成与分子动力学模拟，无需本地 GPU。

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