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Denario科研流程助手

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Denario通过多智能体协作，自动化科研流程，从数据洞察、方法构建到计算实验和LaTeX论文生成，全程支撑研究交付。

DNAnexus 云平台集成

dnanexus-integration

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结合 DNAnexus 云端组学平台，开发并配置生信 app，管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据，执行工作流并通过 dxpy Python SDK 自动化脚本驱动分析流程。

EDGAR 数据提取器

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基于 Python 的库，访问并解析 SEC EDGAR 报送文件，提取 XBRL 财务表、Form4、13F 等结构化数据，支持 10-K/10-Q/8-K/DEF14A 等多种申报分析与公司筛选。

系统发育树工具包

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ETE 工具包提供系统发育树操作、进化事件检测、NCBI 分类信息集成以及高质量图形化展示，助力系统发育组学研究与聚类分析。

FlowIO流式细胞文件处理

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提供流式细胞FCS 2.0-3.1文件的读取、元数据与通道提取，以及 NumPy 数组导出和新文件生成，适合预处理流水线或简单的验证/格式转换需求。

FluidSim 流体仿真框架

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FluidSim 是一个面向周期域的 Python CFD 框架，提供 Navier-Stokes、浅水和分层流等求解器，结合 FFT、MPI、Pythran/Transonic 等高性能技术，内置参数配置、运行与输出分析可视化流程。

FRED经济数据接口

fred-economic-data

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通过 FRED API 获取涵盖 GDP、就业、通胀、利率及区域等 80 多万个经济序列，适用于宏观分析、金融研究、政策评估与经济预测等场景。

NCBI基因查询助手

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通过 E-utilities 或 Datasets API 查询 NCBI Gene，按符号或 ID 获取 RefSeq、GO、定位、表型等信息，支持批量检索与注释分析。

GEO基因表达提取器

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连接NCBI GEO仓库，通过Entrez搜索GSE/GSM/GPL/Profiles，获取基因表达数据、实验设计和矩阵文件，配合GEOparse下载分析所需的转录组资料。

Gtars基因组分析工具

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Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。

人类代谢物数据库查询

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通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。

IDC癌症影像数据访问

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通过 idc-index SDK 无需认证即可查询、下载并在浏览器中预览美国国家癌症研究所 IDC 中的公开癌症放射与病理影像数据，方便构建 AI 训练与研究流程。

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