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MATLAB/Octave科学计算
matlab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
311
本技能详细介绍了MATLAB和GNU Octave的科学计算能力。内容涵盖矩阵运算、线性代数、数据可视化(2D/3D)、统计分析、信号处理和常微分方程求解等多个核心领域。适用于进行复杂数值模拟、科学建模和数据处理的工程师及科研人员。
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Matplotlib:Python科学绘图库
matplotlib
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
233
Matplotlib是Python核心的可视化库,用于创建高度定制化的静态、动态和交互式图表。它支持多种图表类型(如折线图、散点图、热力图、3D图),提供面向对象和pyplot两种接口。适用于科研数据分析、生成高质量出版物图表以及构建复杂的子图布局。
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分子动力学模拟与分析
molecular-dynamics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
303
本技能提供完整的分子动力学(MD)模拟流程,利用OpenMM等高性能工具模拟生物大分子在时间上的演变。其覆盖了系统构建、能量最小化、平衡化以及结构分析(如RMSD、自由能计算)等关键步骤。特别适用于结构生物学、药物结合模式研究和生物物理学分析。
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分子特征化与机器学习
molfeat
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
308
Molfeat是一个全面的分子特征化工具包,用于将化学结构(如SMILES)转化为机器学习所需的数值表示。它集成了超过100种特征计算器(包括ECFP、MACCS和预训练模型),广泛应用于QSAR药物设计、虚拟筛选和深度学习模型构建,是化学信息学领域的核心工具。
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复杂网络与图谱分析
networkx
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
301
NetworkX是Python生态系统中的核心库,用于创建、分析和可视化复杂的网络图谱。它支持处理社会网络、生物网络、交通系统等多种关系结构。用户可以使用它计算最短路径、中心性、社区结构等高级图论算法,并支持多种数据格式的读写,是网络科学研究的必备工具。
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神经记录数据分析流程
neuropixels-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
241
这是一个为神经像素高密度电生理记录设计的端到端分析工具包。它基于SpikeInterface的最佳实践,覆盖了完整的分析工作流:包括数据加载(如SpikeGLX, NWB)、预处理、运动/漂移校正、尖峰排序(如Kilosort4)、计算质量指标和精细的单元精修。适用于神经科学研究。
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OMERO显微镜数据管理与分析
omero-integration
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
159
该技能提供OMERO平台的综合Python API接口,用于管理和分析大规模显微镜数据集。用户可以通过编程方式访问图像、检索结构化数据、分析原始像素数据、管理感兴趣区域(ROIs)和复杂注释,执行批处理工作流,特别适用于高通量筛选和生物学研究。
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开源笔记:私密AI研究分析平台
open-notebook
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
101
Open Notebook是一款自托管、开源的AI研究分析工具,是Google NotebookLM的优秀替代品。它支持摄入PDF、视频、网页等多种格式的资料,并将其组织成私密知识库。核心功能包括上下文感知的AI聊天、自动总结、多说话人播客生成,以及通过完整的REST API提供程序化访问。通过自托管部署,确保了数据的完全私密性与安全性,并支持多种主流AI模型。
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计算病理学全流程分析工具包
pathml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
60
PathML是一个全面的计算病理学Python工具包,专为全流程病理图像分析设计。它支持加载160多种专有WSI格式,并提供从 stain 归一化、细胞核分割到构建空间图谱等核心功能。特别适用于多重免疫荧光和空间蛋白质组学的深度学习模型训练与大规模生物医学图像分析。
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科学论文同行评审
peer-review
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
378
这是一个用于进行科学论文和课题提案的系统性同行评审框架。它提供结构化、清单式的评估,涵盖方法论的严谨性、统计学有效性、报告标准(如CONSORT/STROBE)的符合度,并评估从摘要到结果的各个部分。适用于学术出版、科研质量评估和提供详细、建设性反馈。
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量子机器学习与模拟
pennylane
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
494
PennyLane是一个通用的、与硬件无关的量子计算框架。它支持为量子电路进行自动微分,并用于构建混合量子-经典模型。该工具广泛应用于量子机器学习(如变分分类器)、量子化学模拟(如VQE)和各种变分算法,确保了跨主流量子硬件平台的高兼容性和可移植性。
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系统发育树构建与分析
phylogenetics
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
338
本技能提供了一套完整的系统发育学分析流程,用于重构生物序列(如基因、蛋白质、基因组)的进化历史。流程涵盖了使用MAFFT进行多序列比对、使用IQ-TREE 2进行最大似然树推断,以及使用ETE3进行结果可视化。适用于病毒系统发育动力学、分子钟分析和基因组学研究。
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