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Reactome 通路分析助手

reactome-database

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。

生物信息服务Python接口

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

通过 Python 访问 UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome、QuickGO、UniChem 等生物信息服务的客户端，支持跨库蛋白质注释、通路检索、化合物标识映射与整合分析。

通路富集分析

pathway-enrichment

K-Dense-AI/scientific-agent-skills

对基因列表或排名数据进行通路和基因集富集分析，使用 gseapy、Enrichr 等工具。支持 ORA、GSEA、ssGSEA 及功能分析，涵盖 GO、KEGG、Reactome 等数据库。适用于解读差异表达结果、CRISPR 筛选结果及聚类标记，识别过度代表的生物通路。

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