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Scanpy 单细胞分析流程

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

Scanpy 以 AnnData 为基础，构建可扩展的单细胞 RNA-seq 分析流程，涵盖质控、归一化、降维、聚类、标记基因发现、细胞注释、轨迹推断与出版级可视化，适用于探索型 scRNA-seq 研究。

单细胞生成建模工具

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

提供基于 PyTorch 的概率生成模型，面向单细胞 RNA、ATAC、空间与多模态数据，自动校正批次效应、支持不确定性差异分析，便于与 scanpy 流程对接。

单细胞RNA速度分析

K-Dense-AI/claude-scientific-skills

scVelo 使用未剪接和剪接转录本计数估算细胞状态流向，重构发育轨迹、潜在时间并识别驱动基因，常用于单细胞RNA测序的 Scanpy 流程中。

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