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GTEx 表达数据探索

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通过调用 GTEx 门户和 API 获取组织特异的基因表达、eQTL、sQTL 及变异调控数据，帮助解释 GWAS 位点并探索 54 种组织中的基因调控模式。

InterPro蛋白注释工具

interpro-database

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通过 InterPro REST API 与 Python 示例快速查询蛋白家族、结构域、功能位点等信息，支持功能预测、结构域组合分析以及 GO 注释，服务于蛋白组注释或进化研究流程。

JASPAR转录因子结合位点工具

jaspar-database

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通过调用 JASPAR API 和 Python 工具，获取 TF 结合模型、将 PFM 转为 PWM 并在 DNA 序列中扫描高置信度的结合位点，辅助调控变异注释、ChIP/ATAC 解读及转录因子网络构建。

分子动力学工具

molecular-dynamics

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利用 OpenMM 与 MDAnalysis 建立蛋白或小分子体系，执行能量最小化、均衡和轨迹分析（RMSD、RMSF、接触图与自由能面），为结构生物学与药物结合研究提供数据支撑。

君主计划疾病知识库

monarch-database

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通过 Monarch Initiative API 查询跨物种的疾病-基因-表现型关联，用于罕见病基因发现、表现型映射与模型生物数据整合的研究。

Parallel Web 研究助手

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Parallel Web 研究技能通过 Parallel Chat 与 Extract API 搜索网络、开展深度调研并生成带来源的摘要，支持模型选择、JSON 输出和引用验证，适合市场、新闻、技术及通用信息采集。

Plankton 代码质量守护

plankton-code-quality

affaan-m/everything-claude-code

Plankton 在 Claude Code 每次写入时自动格式化并 lint，若违规仍存则生成 Claude 子进程修复，同时保护 linter 配置与旧包管理器，适用 Python、TS、Shell 等多语言项目。

代码评审反馈处理指南

receiving-code-review

obra/superpowers

帮助开发者面对代码审查意见时保持技术严谨，先完整阅读与理解、核实实现细节、评估合理性，再有理有据地回应或推进变更，执行一次单项修复并逐条验证，避免盲从或表现性同意。

请求代码审查流程

requesting-code-review

obra/superpowers

说明何时调用 code-reviewer 子代理、如何准备 SHAs 与模板，并按其反馈快速修复问题，确保每个任务、主要功能或合并符合质量要求。

scVelo RNA速度轨迹分析

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面向单细胞 RNA-seq 的 RNA 速度分析工具包，通过建模未剪接/已剪接转录本动力学推断细胞分化方向、潜在时间和驱动基因，可与 Scanpy 流程联动。

技能安全审计器

skill-security-auditor

alirezarezvani/claude-skills

技能安全审计器在安装前检查 AI 代理技能，检测命令注入、提示劫持、依赖风险及文件系统越界等问题，输出 PASS/WARN/FAIL 判定并给出修复建议。

子代理驱动开发流程

subagent-driven-development

obra/superpowers

通过为每个任务派发独立子代理、先验规范再质量审查的两阶段流程，在不污染主要上下文的前提下高效执行 implementation 计划，适合多个独立任务的快速迭代。

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