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生物信息多数据库Python接口

bioservices
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
497
统一的 Python 接口访问 40+ 生物信息学数据库与服务，支持跨库查询、ID 映射、序列比对和通路分析，适合整合多来源生物数据的工作流。
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AI智能体自进化引擎

capability-evolver
EvoMap/evolver
464
Evolver是一款为AI智能体设计的自进化引擎。它能深入分析运行时的历史记录，识别性能缺陷和效率低点，并自主编写和应用改进方案。其架构通过本地代理信箱（Proxy Mailbox）与EvoMap Hub进行安全通信，适用于构建高度自适应、持续迭代的智能系统。
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单细胞 Census 数据查询工具

cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
144
该技能提供对 CZ CELLxGENE Census 的程序化访问，这是一个包含版本化公共单细胞和空间转录组数据的综合集合。它支持高效查询大规模细胞元数据、基因表达切片和嵌入，无需下载整个数据集。适用于分析人类、小鼠等多种生物体的数据，并与 Scanpy、AnnData 等工具集成，支持大规模分析和机器学习工作流。
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Cirq 量子计算框架

cirq
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
419
Cirq 是 Google Quantum AI 开源的量子计算框架，用 Python 设计、模拟与运行量子电路。支持 NISQ 电路构建、含噪模拟、参数扫描、电路变换优化与硬件门集编译，并可对接 Google、IonQ、AQT、Pasqal 及 Azure Quantum 等后端。
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学术引用管理

citation-management
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
464
面向学术研究的引用管理工具，可在 OpenAlex、PubMed、Google Scholar 中检索论文，提取准确的文献元数据，校验引用信息，并生成规范的 BibTeX 条目。适用于文献综述、参考文献核对、DOI 转 BibTeX 及论文参考文献库构建。
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临床决策支持研究评估

clinical-decision-support
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
80
用于准备和验证仅限研究的临床决策支持评估、证据概要、队列、生存分析、生物标志物/模型、隐私和治理工件，支持聚合或合成数据的文档与溯源；不用于患者诊疗或实时临床操作。
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临床报告起草助手

clinical-reports
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
451
根据经核实的授权事实，生成临床病例、诊断、试验、安全及汇总研究报告的安全受限草稿结构，并运行本地确定性检查；所有输出均需合格人员审核。
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COBRApy 代谢建模

cobrapy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
389
COBRApy 是用于基因组尺度代谢模型约束重建与分析的 Python 库，支持 FBA、FVA、基因敲除、通量采样及 SBML 模型读写，适用于系统生物学和代谢工程研究。
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心智议会

consciousness-council
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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通过模拟不同思维原型，从多角度讨论难题、权衡利弊、识别风险，并输出可执行的综合结论，适合复杂决策、创意发想和策略分析。
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上下文模式工程洞察面板

ctx-insight
mksglu/context-mode
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本工具可打开上下文模式的洞察仪表盘，为AI辅助工程团队提供中央分析层。用户可以查看每位工程师的生产力速率、识别重复尝试浪费、检测项目阻碍点，并获取按角色划分的详细性能视图。它是团队性能监控和登录信息的单一信息源。
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Dask 分布式计算

dask
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
361
使用 Dask 实现超内存的 pandas 与 NumPy 并行及分布式计算。适用于大数据集多文件处理、超大 DataFrame/数组运算和非结构化数据清洗，可从单机扩展到集群。
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Datamol 化学信息学工具包

datamol
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
159
基于 RDKit 的 Python 化学信息学封装库，简化分子解析、标准化、描述符与指纹计算、聚类、3D 构象生成及并行药物发现流程，适合标准分子数据处理。
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