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综合科学数据探索分析

exploratory-data-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
431
这是一个用于进行全面的科学数据探索性分析（EDA）的工具。它可以处理超过200种科学数据格式，涵盖生物信息学、化学、显微镜和光谱学等多个领域。它能自动识别文件类型，评估数据质量，并生成详细的markdown报告，帮助用户理解复杂科学数据集的结构和适用分析方法。
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流式细胞术FCS文件解析

flowio
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FlowIO是一个用于处理流式细胞术标准文件（FCS）的专业Python库。它能够高效解析FCS文件的复杂元数据，将事件数据提取为NumPy数组，并支持处理各种通道类型（如散射光、荧光等）。该工具是进行流式细胞数据预处理和构建数据分析管道的理想选择。
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计算流体动力学模拟框架

fluidsim
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FluidSim是一个高性能、面向对象的Python流体力学（CFD）模拟框架。它提供了多种物理方程的求解器，包括2D/3D纳维-斯托克斯方程、浅水和分层流。该框架利用伪谱方法和FFT加速，支持MPI并行计算，适用于分析湍流、地质流体和各类流体动力学过程，并具备完整的后处理和可视化功能。
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综合地理空间分析工具

geomaster
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这是一个全面的地理空间科学技能包，涵盖了遥感、GIS、空间统计和地球观测机器学习。它支持处理栅格、矢量、点云等多种数据类型（如Sentinel、Landsat），并集成了现代云原生工作流（STAC、COG）。适用于环境监测、城市规划和复杂的空间分析任务。
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Python地理空间数据分析库

geopandas
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GeoPandas是用于在地理空间（GIS）领域进行矢量数据分析的Python库，它扩展了pandas的功能。它支持读取和处理GeoJSON、Shapefile、GeoPackage等多种地理格式。核心功能包括空间连接、几何运算（如缓冲区分析）、坐标系统重投影（CRS）管理，以及绘制专题图件（Choropleth）。适用于进行复杂的空间关系分析、区域划分和地理数据可视化。
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系统资源检测与计算策略

get-available-resources
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本技能用于在进行任何计算密集型任务前，自动检测并报告系统所有的计算资源，包括CPU核心数、GPU支持（NVIDIA、AMD、Apple Silicon）、内存和磁盘空间。它不仅提供简单的资源指标，更生成包含战略性、上下文感知建议的JSON报告。这些建议能指导用户在数据分析或模型训练前，做出最佳的计算架构决策，例如是否需要采用Dask进行内存外计算，或选择最佳的并行处理参数。
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高性能基因组学分析工具

gtars
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Gtars是一个高性能的基因组区间分析工具包，支持Python绑定。它为计算生物学和机器学习应用提供专业模块，用于基因组重叠检测、覆盖度轨道生成（WIG/BigWig）、基因组分词化和单细胞碎片分析。适用于处理BED文件、参考序列验证及构建生物信息学流程。
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数字病理全玻片图像处理库

histolab
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Histolab是一个用于数字病理学领域的全玻片图像(WSI)处理Python库。它能够自动化处理复杂的病理学任务，包括加载多种WSI格式、进行精细的组织区域分割（生成二值掩码），以及从病理切片中提取高质量的、信息丰富的切块。该库支持随机、网格和评分等多重切块策略，非常适合为深度学习模型准备标准化数据集，加速病理研究流程。
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Matchms：质谱相似性与代谢组学分析

matchms
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Matchms是一个功能强大的开源Python库，专用于质谱数据处理和构建分析流程。它可以支持导入多种格式的谱图数据，提供高级过滤功能以标准化数据，并计算多种谱图相似性得分（如余弦相似度）。该工具在代谢物鉴定、谱库搜索和构建可重复的代谢组学流程方面具有极高的应用价值。
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综合生物信号处理工具箱

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本工具箱是一个全面的生理信号分析平台，可处理心电图(ECG)、脑电图(EEG)、皮肤电导(EDA)等多类型生物信号。它支持心率变异性分析、脑状态识别、自主神经系统评估等高级分析，广泛应用于心理生理学和临床研究。
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神经像素数据分析工具包

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这是一个用于分析高密度神经像素（Neuropixels）神经记录的完整工具包。它支持整个电生理工作流，包括原始数据加载（SpikeGLX, Open Ephys）、预处理（滤波、运动校正）、高级尖峰排序（Kilosort4）以及严格的质量指标计算。工具包含Allen/IBL标准单元策展和AI辅助可视化功能，旨在产出可用于发表的分析结果。
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OMERO显微镜图像数据分析平台

omero-integration
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本技能为OMERO（开源显微镜数据管理平台）提供了全面的Python集成，用于管理、可视化和分析复杂的显微图像数据。支持通过代码访问图像、检索数据集、管理感兴趣区域（ROIs）和注释，执行深层像素分析，并为高通量筛选和生物成像工作流进行批处理。
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