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PyDESeq2 差异表达分析

pydeseq2
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
57
PyDESeq2 是在 Python 中复现 DESeq2 的差异表达分析工具，可载入 bulk RNA-seq 计数、过滤低表达基因、指定单/多因素设计、执行 Wald 检验并进行 LFC 收缩，方便结合 pandas/AnnData 管道输出结果和可视化。
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PyOpenMS 质谱分析平台

pyopenms
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
458
PyOpenMS 通过 Python 接口调用 OpenMS，面向蛋白质组和代谢组全流程，从文件读写、信号处理、特征检测到鉴定定量，并可与 pandas/可视化工具整合。
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Python 生存分析工具集

scikit-survival
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
303
基于 scikit-survival 的完整生存分析指南，涵盖删失数据处理、Cox/集成/SVM 模型构建以及 C 统计量、时间依赖 AUC、Brier 得分等评估，适用于临床和可靠性领域的时间事件建模。
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单细胞生成建模工具

scvi-tools
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
242
提供基于 PyTorch 的概率生成模型，面向单细胞 RNA、ATAC、空间与多模态数据，自动校正批次效应、支持不确定性差异分析，便于与 scanpy 流程对接。
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Xquik 推特数据平台

x-twitter-scraper
sickn33/antigravity-awesome-skills
230
通过 Xquik 平台让 AI 代理访问 X 推特数据，支持推文搜索、用户与粉丝提取、互动指标、抽奖、监控、Webhook 实时推送及 19 种批量提取工具。
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InterPro蛋白注释工具

interpro-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
416
通过 InterPro REST API 与 Python 示例快速查询蛋白家族、结构域、功能位点等信息，支持功能预测、结构域组合分析以及 GO 注释，服务于蛋白组注释或进化研究流程。
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JASPAR转录因子结合位点工具

jaspar-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
259
通过调用 JASPAR API 和 Python 工具，获取 TF 结合模型、将 PFM 转为 PWM 并在 DNA 序列中扫描高置信度的结合位点，辅助调控变异注释、ChIP/ATAC 解读及转录因子网络构建。
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系统发育分析流程

phylogenetics
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
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使用MAFFT、IQ-TREE 2、FastTree等工具完成对齐、进化树构建与可视化，适用于微生物、病毒、蛋白家族等的系统发育与分子钟分析。
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数据可视化工具

data-visualization
sickn33/antigravity-awesome-skills
117
提供图表、地图和仪表盘等方式，将数据转化为清晰洞察，便于团队共享。
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文献分析工具

literature-analysis
sickn33/antigravity-awesome-skills
234
文献分析工具辅助研究者梳理学术文本中的核心观点与论证，提炼研究脉络，帮助在内容稀缺的情况下仍能高效开展文献调研。
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Pandas数据工具

pandas
sickn33/antigravity-awesome-skills
333
Pandas 是一个 Python 数据分析库，用于快速加载、清洗、转换和分析结构化数据，适合数据整理与分析任务的日常使用。
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定量分析工具

quantitative-analysis
sickn33/antigravity-awesome-skills
494
提供一个简洁的定量分析体验，适用于金融或科研场景，以结构化方式呈现数值洞察与解读。
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