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生物Python分子工具

biopython
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
280
Biopython 是一套完整的 Python 分子生物工具，支持序列操作、文件格式转换、NCBI 接入、BLAST 自动化、结构解析与系统发育分析，适合构建生物信息流程与批量任务。
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CELLxGENE Census 数据查询

cellxgene-census
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99
以代码方式访问 CELLxGENE Census 的 6100 万+ 单细胞数据，获取表达矩阵、标准化元数据与嵌入，适用于组织、疾病或细胞类型查询，以及机器学习与大型跨数据集分析。
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ChEMBL 生物活性查询

chembl-database
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通过 ChEMBL Python 客户端访问化合物、靶点、活性与药物数据，按结构/性质/活性过滤，支撑抑制剂发现与 SAR 分析。
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COBRApy 代谢建模工具

cobrapy
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COBRApy 是用于约束代谢模型重建与分析的 Python 库，涵盖模型导入导出、FBA/FVA、基因与反应敲除、通量采样与生产包络分析，适合系统生物学与代谢工程研究。
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COSMIC癌症突变数据访问

cosmic-database
K-Dense-AI/claude-scientific-skills
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通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。
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科学数据探索与分析

exploratory-data-analysis
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自动识别200多种科学数据格式，提取元信息、评估质量，并输出格式化 Markdown 报告，帮助用户理解结构并规划后续分析。
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FDA监管数据查询

fda-database
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通过 Python 调用 openFDA 接口查询药品、器械、食品、兽药及物质的监管、召回、安全与上市信息，辅助合规分析与药物安全研究。
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NCBI基因查询助手

gene-database
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通过 E-utilities 或 Datasets API 查询 NCBI Gene，按符号或 ID 获取 RefSeq、GO、定位、表型等信息，支持批量检索与注释分析。
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GeoPandas空间分析工具

geopandas
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GeoPandas 在 pandas 基础上提供地理矢量数据处理能力，可读写多种格式、投影、空间连接与叠加、缓冲与可视化，适合街区分析、地图制作与 PostGIS 集成工作。
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Gtars基因组分析工具

gtars
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Gtars 是一个高性能 Rust 工具包，配套 Python 绑定，用于基因组区间分析，涵盖重叠检测、覆盖曲线生成、机器学习 token 化、片段打分与参考序列管理等计算基因组学场景。
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人类代谢物数据库查询

hmdb-database
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通过 HMDB 检索 22 万余条人类代谢物信息，可按名称、ID、结构、疾病、标本筛选，获取化学、临床、通路和谱图数据并批量下载，支持代谢组学研究与生物标志物分析。
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自动化假设发现

hypogenic
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通过结合大语言模型的表格数据洞察与文献综述，自动生成并测试假设，适用于欺骗检测、内容分析等领域，让科研人员系统探索、验证多种假设并产出高多样性的研究想法。
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