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Polars 高性能数据框库
polars
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
110
基于 Apache Arrow 的高性能 Python 数据框库。涵盖表达式式 API、惰性查询优化、流式外存处理、聚合与窗口函数、连接操作及 pandas 迁移,适用于 ETL 与数据分析流程。
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Pymoo 多目标优化框架
pymoo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
358
Pymoo 是一个 Python 单目标与多目标优化框架,提供 NSGA-II/III、MOEA/D、SPEA2 等算法,支持约束处理、ZDT/DTLZ 基准测试、Pareto 前沿分析与可视化,适用于工程设计等优化问题。
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PyOpenMS 质谱分析
pyopenms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
387
PyOpenMS 提供 OpenMS 库的 Python 接口,用于蛋白质组学和代谢组学的质谱数据分析。支持特征检测、肽段与蛋白质鉴定、无标记与同量异序定量、加合物与精确质量注释,并内置即用脚本,覆盖常见 LC-MS/MS 工作流。
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Python基因组文件处理
pysam
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
146
Python基因组文件处理库,支持读取、查询、过滤和写入SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ等格式,提供pileup、覆盖度分析、索引和CRAM参考操作功能。适用于需要低级别流式访问基因组数据的生物信息学工作流。
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RDKit 化学信息学工具包
rdkit
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
257
基于 Python 的化学信息学工具包,提供分子精细控制能力:SMILES/SDF 解析、分子描述符(分子量、LogP、TPSA)、指纹、子结构检索、2D/3D 坐标生成、相似性计算、化学反应与可视化,适用于药物发现与计算化学研究。
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Scanpy 单细胞分析工具
scanpy
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
257
Scanpy 是一个可扩展的 Python 工具包,用于单细胞 RNA 测序数据分析。涵盖质量控制、标准化、降维、聚类和可视化。支持将 R 格式转换为 h5ad,并提供现成的 CLI 脚本实现端到端工作流,适用于探索性分析和高质量绘图。
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scikit-bio 生物信息学工具包
scikit-bio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
183
用于生物数据分析的 Python 工具包,支持生物序列读写与操作、成对及多序列比对、系统发育树构建、α/β 多样性与 UniFrac 距离、PCoA 排序分析、PERMANOVA 等统计检验,以及 FASTA/Newick/BIOM 格式读写,广泛用于微生物组与群落生态研究。
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scVelo RNA速率分析
scvelo
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
360
scVelo 是用于单细胞 RNA 测序的 RNA 速率分析 Python 包,通过未剪接/剪接 mRNA 动力学估计细胞状态转变,推断轨迹方向,计算潜在时间并识别驱动基因,揭示细胞命运决定。
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Seaborn 统计可视化库
seaborn
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
358
Seaborn 是一个基于 Matplotlib 的 Python 统计可视化库,与 Pandas 深度集成。它提供面向数据集的绘图功能,支持创建出版级质量的统计图形,如箱线图、小提琴图和热力图。适用于探索性数据分析、多变量分析及复杂多面板图表,具有美观的默认样式和统计感知能力。
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SHAP 模型可解释性指南
shap
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
432
本技能涵盖使用 SHAP 库解释和审计机器学习预测。指导用户选择解释器、计算特征归因并验证结果。包括局部和全局可视化工作流,处理多输出模型,并确保模型行为描述准确,不暗示因果关系。需要 Python 3.12+ 及特定 SHAP 版本。
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Statsmodels 统计建模与计量分析
statsmodels
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
141
基于 Python 的统计建模与计量经济学工具库,涵盖 OLS、GLM、混合模型、离散选择与 ARIMA 时间序列,提供残差诊断、模型比较与系数推断,适合严谨的统计推断与实证分析。
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Vaex 大数据处理与分析
vaex
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
396
Vaex 是一款高性能 Python 库,专为处理超出内存容量的大型表格数据集而设计。它支持核心外操作、惰性求值、快速聚合及大数据可视化。适用于处理海量 CSV、HDF5、Arrow 或 Parquet 文件,对数十亿行数据进行统计分析,并在不占用内存的情况下构建机器学习流程。
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