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DNAnexus 云基因组集成

dnanexus-integration
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412
通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。
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统一生物信息查询工具

gget
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488
gget 提供命令行和 Python 接口，统一访问 20 多个生物信息数据库，可交互或脚本化查询基因、序列、BLAST、结构与富集等信息。
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Histolab 全切片瓦片处理

histolab
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197
Histolab 为全切片图像提供自动化组织检测、瓦片抽取和染色标准化，方便快速构建数据集和进行瓦片级分析，适用于轻量化病理图像处理流程。
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KEGG REST 工具集

kegg-database
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提供 KEGG REST API 的 Python 工具，涵盖数据库信息、列表、检索、搜索、ID 转换、关联与药物交互，帮助完成通路与基因组分析。
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LabArchives 实验笔记本集成

labarchive-integration
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186
通过 LabArchives API 自动化管理电子实验笔记本，包括凭证配置、条目/附件操作、备份、报表和 Protocols.io/Jupyter/REDCap 等集成，助力科研数据工作流。
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LaminDB生物数据平台

lamindb
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LaminDB 是一款面向生物数据的开放平台，提供从数据集管理、谱系追踪到本体注释、模式校验与工作流集成的全链路能力，帮助科研团队打造可查询、可复现的 FAIR 数据湖仓。
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OMERO显微镜数据集成

omero-integration
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通过 OMERO Python API 管理显微镜数据：访问项目/数据集/图像、分析像素、运维 ROI 与注释、保存表格结果，并支持高内涵筛选的批处理自动化流程。
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DICOM 医疗影像工具

pydicom
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Pydicom 提供 Python 接口，方便读取、写入和修改 DICOM 医疗影像文件，支持像素提取、元数据管理、匿名化、格式转换以及与 PACS 流程的集成，适用于医学影像分析和放射科应用。
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治疗数据共享平台

pytdc
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提供面向治疗学的 AI 准备药物发现数据集（ADME、毒性、DTI、DDI、分子生成），包含标准化评估、scaffold 拆分与分子预测器，帮助科研人员训练、对比、优化疗法 ML 模型。
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Reactome 通路分析助手

reactome-database
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调用 Reactome 内容与分析服务（或 reactome2py 客户端）获取通路层级、基因映射、富集/表达分析与疾病机制数据，辅助系统生物学研究。
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科研信息查询

research-lookup
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实时科研信息查询，智能选择 Parallel Chat API 与 Perplexity 声纳学术搜索，搜集论文、数据、趋势与验证资料并提供引用。
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Scikit 生存分析

scikit-survival
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基于 scikit-survival 的 Python 生存分析工具，涵盖 Cox、集成模型、SVM 与指标评估，便于处理删失数据的时间事件建模。
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