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注释数据矩阵

anndata
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
142
AnnData 提供面向单细胞和注释数据的 Python 容器，支持在一个对象里管理数据矩阵与多维元数据，读取/写入 h5ad/zarr/loom/10X 等格式，并与 scverse 工具配合执行大规模分析。
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学术引文管理器

citation-management
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通过 Scholar 和 PubMed 搜索文献、提取完整元数据、校验引用并生成格式化 BibTeX，帮助科研写作保持引用准确。
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科学数据探索分析

exploratory-data-analysis
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
188
自动识别 200+ 科学数据格式，提取元数据、评估数据质量、推荐可视化方案，并生成 Markdown 报告，帮助科研人员在后续分析前全面把握数据结构与特征。
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生物信息学工作流平台

latchbio-integration
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这是一个基于Python的生物信息学工作流开发和部署平台。它允许用户使用装饰器定义服务器无状态管线，支持Python、Nextflow和Snakemake等多种格式。核心功能包括云数据管理、资源配置（GPU/CPU）以及运行预设的复杂分析，适用于基因组学和蛋白质结构预测等大规模计算任务。
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Markdown与Mermaid文档规范

markdown-mermaid-writing
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152
将 Markdown 与 Mermaid 设为科研与技术文档的默认格式，涵盖 24 种图表参考与 9 个模板，确保报告、分析或说明既可版本控制，又可直接渲染。
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MarkItDown 文档转 Markdown

markitdown
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MarkItDown 将 PDF、Office、HTML、JSON、XML、ZIP、图片（带 OCR）和音频（语音转写）等多种格式统一转为结构化 Markdown，便于与大模型或文档流程协作。
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PathML 病理计算工具包

pathml
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PathML 是用于计算病理的 Python 工具集，支持多种切片格式、H&E 预处理、图谱构建和 HoVer-Net/HACTNet 训练，方便多重免疫荧光及空间蛋白组分析与管理。
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HTML PPTX 海报制作

pptx-posters
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通过 HTML/CSS 模板制作研究海报，导出 PDF 或 PPTX，满足明确提出 PowerPoint 格式需求，结合响应式布局与 AI 视觉素材，方便快速预览与迭代。
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DICOM 医疗影像工具

pydicom
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230
Pydicom 提供 Python 接口，方便读取、写入和修改 DICOM 医疗影像文件，支持像素提取、元数据管理、匿名化、格式转换以及与 PACS 流程的集成，适用于医学影像分析和放射科应用。
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Python质谱分析平台

pyopenms
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PyOpenMS为质谱分析提供全面的Python绑定，支持完整的计算质谱工作流。它涵盖蛋白质组学、代谢组学和通用光谱数据处理，支持多种文件格式（如mzML, mzXML）。核心功能包括信号处理、特征检测、以及利用多种搜索引擎进行肽段和蛋白质的鉴定。
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分子建模化学信息学工具包

rdkit
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RDKit是一个功能全面的化学信息学库，提供强大的Python API，用于分子分析和操控。它支持读取和写入多种分子格式（如SMILES, SDF, InChI），计算理化描述符（分子量、LogP、TPSA），执行子结构搜索和立体化学分析。该工具对于药物发现、计算化学和高级化学信息学研究工作流程至关重要。
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联邦研究经费提案撰写

research-grants
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477
面向NSF、NIH、DOE、DARPA和台湾NSTC，撰写符合各机构格式、评审重点与预算要求的科研提案，并通过scientific-schematics生成必要的视觉图示以增强说服力。
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