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Python地理空间数据分析库
geopandas
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
460
GeoPandas是用于在地理空间(GIS)领域进行矢量数据分析的Python库,它扩展了pandas的功能。它支持读取和处理GeoJSON、Shapefile、GeoPackage等多种地理格式。核心功能包括空间连接、几何运算(如缓冲区分析)、坐标系统重投影(CRS)管理,以及绘制专题图件(Choropleth)。适用于进行复杂的空间关系分析、区域划分和地理数据可视化。
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数字病理全玻片图像处理库
histolab
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
429
Histolab是一个用于数字病理学领域的全玻片图像(WSI)处理Python库。它能够自动化处理复杂的病理学任务,包括加载多种WSI格式、进行精细的组织区域分割(生成二值掩码),以及从病理切片中提取高质量的、信息丰富的切块。该库支持随机、网格和评分等多重切块策略,非常适合为深度学习模型准备标准化数据集,加速病理研究流程。
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Markdown与Mermaid图表编写
markdown-mermaid-writing
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
87
该技能提供了一套完整的科学、技术和分析文档编写标准。它强制使用嵌入Markdown的Mermaid图表作为文档的规范格式。这种基于文本的方法确保了所有图表都具备版本控制能力、极高的可编辑性,并且易于AI解析,是编写报告、架构图和流程图的首选标准。
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多格式文档转Markdown工具
markitdown
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
470
MarkItDown是一款强大的文档转换工具,支持将PDF、Word、PPT等超过15种格式的文件转换为结构化Markdown。它特别优化了LLM(大型语言模型)的阅读需求,提供高效、干净的文本格式。功能包括图像OCR、音频转录和Azure文档智能集成,是进行数字化内容处理和数据准备的利器。
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Matchms:质谱相似性与代谢组学分析
matchms
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
460
Matchms是一个功能强大的开源Python库,专用于质谱数据处理和构建分析流程。它可以支持导入多种格式的谱图数据,提供高级过滤功能以标准化数据,并计算多种谱图相似性得分(如余弦相似度)。该工具在代谢物鉴定、谱库搜索和构建可重复的代谢组学流程方面具有极高的应用价值。
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计算病理学分析工具包
pathml
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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PathML是一个全面的Python工具包,用于先进的计算病理学工作流。它支持从160多种专有格式加载全玻片图像(WSI),并提供图像预处理(染色归一化、组织检测)、构建空间细胞/组织图谱以及训练深度学习模型(如HoVer-Net)的能力。尤其适用于分析CODEX和Vectra等多参数免疫荧光数据。
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高性能基因组区间分析工具
polars-bio
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
385
polars-bio是基于Polars的高性能生物信息学库,专注于基因组区间操作和文件I/O。它提供DataFrame友好的API,用于执行区间算术运算(如重叠、合并、补集等),并支持读写BED, VCF, BAM, GFF等主流生物信息学格式。支持流式处理和云存储,适用于大规模、高性能的基因组数据分析。
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基于HTML/CSS的科研海报制作
pptx-posters
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
407
本技能使用HTML和CSS创建专业的科研海报。生成的海报可导出为PDF或转换为PPTX格式。它提供现代、响应式的网络设计,便于整合AI生成的科学示意图,适用于学术会议和展示,特别适合需要Web展示或PPTX格式的用户。
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DICOM医学影像处理工具
pydicom
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
138
用于处理DICOM医学影像文件,支持读取、写入和修改医学图像数据。功能包括提取CT、MRI等各类医学扫描的像素数据,管理复杂的元数据标签,处理数据压缩,执行患者数据匿名化,并能将医学图像转换为标准格式,适用于医疗影像分析和PACS系统集成。
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Python材料科学工具包
pymatgen
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Pymatgen是一个专业的Python计算材料科学工具包。它用于创建、操作和分析晶体结构、分子系统。核心功能涵盖相图计算、电子结构分析(态密度、能带隙)、空间群对称性分析、超晶胞生成,并可与Materials Project数据库无缝集成。支持超过100种文件格式。
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Python基因组数据分析工具包
pysam
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Pysam是一个功能强大的Python模块,专门用于读取、操作和写入核心的基因组数据文件格式。它提供了到htslib的Python接口,支持处理比对文件(BAM/CRAM)、变异文件(VCF/BCF)和参考序列(FASTA/FASTQ)。该工具适用于实现复杂的生物信息学流程、计算覆盖度和进行变异体注释,是生物数据分析的必备工具。
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Zotero文献管理编程工具
pyzotero
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Pyzotero是用于通过Python编程方式管理Zotero文献库的客户端。它支持与Zotero Web API v3进行交互,实现文献项目的增删改查、管理附件(如PDF)、处理集合和标签,并支持引用格式导出(如BibTeX)。适用于构建研究自动化流程、数据提取或将Zotero数据集成到其他应用中。
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