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生物信息学数据分析

bioservices
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这是一个功能全面的Python库，为超过40个主要的生物信息学网络服务和数据库提供了统一的编程接口。它专为复杂的生物学工作流设计，支持跨数据库查询（如UniProt、KEGG、ChEMBL）、ID映射、蛋白质序列检索、通路分析以及运行BLAST等序列相似性搜索，极大地简化了来自多个生命科学资源的数据集成过程。
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Dask：分布式并行计算框架

dask
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Dask是一个强大的Python库，用于实现并行和分布式计算。它允许用户将现有的Pandas和NumPy工作流扩展到超出可用内存的规模，从而高效处理高达TB级别的超大数据集。它提供了专门的API（DataFrame、Array、Bag），用于处理结构化、科学和非结构化数据，支持单机或集群部署。
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DeepTools：NGS数据分析工具包

deeptools
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deepTools是一个全面的命令行工具包，用于处理和分析高通量测序数据。它支持ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq等多种NGS实验类型。核心功能包括将BAM文件转换为归一化覆盖度轨道（bigWig），执行质量控制（QC），进行样本关联分析，并生成用于学术发表的热图和谱图等高质量可视化结果。
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DNAnexus基因组学云平台集成

dnanexus-integration
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这是一个用于在DNAnexus云平台上开发和执行基因组学分析流程的综合工具包。它覆盖了从应用构建、管理大型生物医学数据集（如FASTQ, BAM, VCF）到工作流编排和使用dxpy Python SDK进行程序化交互的全生命周期。
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ESM蛋白质语言模型与设计

esm
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该技能基于ESM（进化尺度模型）系列，为蛋白质组学和计算生物学提供全流程解决方案。核心功能包括：利用ESM3进行蛋白质序列生成（从头设计）、结构预测（序列到3D结构）和逆向折叠（结构到序列设计）。同时，可以使用ESMC模型提取高质量蛋白质嵌入，支持功能注释和高级生物信息学研究。
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FlowIO：流式细胞术文件解析处理

flowio
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这是一个轻量级的Python库，用于处理流式细胞术标准文件（FCS）。它能够解析复杂的元数据，高效地将事件数据提取为NumPy数组，并支持创建新的FCS文件。适用于进行细胞流式数据预处理、构建数据管道和文件格式转换。
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高性能计算流体模拟框架

fluidsim
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FluidSim是一个基于Python的高性能计算流体动力学(CFD)模拟框架。它用于解决复杂的流体运动方程，包括二维/三维纳维-斯托克斯方程、浅水方程和分层流等。框架采用伪谱方法和FFT，支持MPI并行计算，提供从参数配置、模拟执行到结果可视化分析的完整工作流。
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地理空间科学与遥感工具箱

geomaster
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一个全面的地理空间科学工具箱，涵盖遥感、GIS、空间统计和地球观测机器学习。它支持矢量、栅格、点云等多类型数据处理，支持云原生工作流和多种编程语言，适用于科研和商业级的地理空间分析任务。
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检测可用计算资源

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该技能用于主动检测和报告全面的系统资源，包括CPU核心、GPU类型（NVIDIA、AMD、Apple Silicon）、可用内存和磁盘空间。它生成一个详细的JSON报告，并提供基于上下文的策略性建议，指导用户优化科学计算流程。例如，它会推荐并行处理库（Dask, joblib）、内存外存储方法（Zarr）或合适的GPU加速后端，帮助用户在进行大规模数据分析或模型训练前做出架构决策。
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生物信息学数据库查询工具

gget
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gget是一个全面的生物信息学工具包，提供统一的接口来访问20多个基因组数据库。它可用于进行基因信息查询、序列分析（如BLAST）、蛋白质结构获取、表达数据检索等，支持命令行和Python编程两种使用场景，适用于生物学研究。
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金合云实验室：自动化蛋白质研究平台

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金合云实验室提供远程访问先进的自主实验室基础设施，用户可以在此提交和管理复杂的分子生物学实验方案。它支持多种应用，包括蛋白质表达和纯化（无细胞、大肠杆菌、毕赤酵母）、定量检测（HiBiT、A280、LabChip）、核酸合成（IVT mRNA/circRNA）以及特性分析（热移谱、Echo-MS、SPR）。该平台还集成了AI智能体，用于评估和定价定制工作流程。
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全玻片图像分析与预处理

histolab
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Histolab是一个专业的数字病理学图像处理Python库。它能够自动化处理全玻片图像（WSI），实现组织区域的自动检测、精确分割和小块切片提取。该工具是为准备深度学习数据集和进行复杂的计算病理学分析流程而设计的。
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