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Biopython:生物计算工具包
biopython
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
240
Biopython是一个全面的Python生物计算工具包,支持分子生物学和生物信息学领域的核心功能。它提供了序列处理、各种格式文件解析(如FASTA、GenBank、PDB)、系统发育树构建、序列比对(BLAST/多重比对)以及通过Bio.Entrez访问NCBI等大型数据库。非常适合构建生物信息学流程和进行基因组学研究。
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生物信息学:多数据库统一接口
bioservices
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
285
这是一个全面的Python库,提供了对40多个生物信息学数据库(如UniProt, KEGG, ChEMBL等)的编程访问接口。适用于复杂的生物学工作流,包括跨数据库ID映射、代谢通路分析、蛋白质序列检索和序列相似性搜索等,实现数据整合和自动化分析。
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大规模单细胞转录组数据查询
cellxgene-census
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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该技能提供对CZ CELLxGENE大型、版本化单细胞和空间转录组数据的程序化访问。用户无需下载整个数据集,即可查询数百万个细胞的基因表达数据,分析不同组织、疾病和物种间的差异。适用于大规模生物信息学分析、机器学习模型训练和跨数据集比较研究。
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上下文模式工程洞察面板
ctx-insight
mksglu/context-mode
136
本工具可打开上下文模式的洞察仪表盘,为AI辅助工程团队提供中央分析层。用户可以查看每位工程师的生产力速率、识别重复尝试浪费、检测项目阻碍点,并获取按角色划分的详细性能视图。它是团队性能监控和登录信息的单一信息源。
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分布式大数据计算框架
dask
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Dask是一个强大的Python库,用于处理超出内存限制或需要跨多机并行计算的大型数据集。它可以扩展传统的pandas和NumPy操作(DataFrame/Array),并处理非结构化数据(Bags)。适用于大规模数据抽取、转换、加载(ETL)、数据分析和分布式机器学习任务。
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Datamol:分子化学信息学工具库
datamol
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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Datamol是一个基于RDKit的高级Python封装层,专为计算化学和药物发现设计。它简化了复杂的分子操作,提供智能默认值来处理SMILES标准化、描述符计算、指纹图生成、三维构象分析和分子聚类等任务。该库支持高效的并行计算和云存储I/O,非常适合处理大规模的化学数据集。
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深层工具:NGS基因组分析平台
deeptools
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deepTools是一个用于处理和分析高通量测序数据的综合命令行工具包。它涵盖了从BAM到bigWig的转换、数据质量控制(QC)、归一化、以及为ChIP-seq、RNA-seq和ATAC-seq等数据生成专业级热图和谱图。是进行可重复基因组学研究流程的必备工具。
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DNAnexus基因组工作流管理
dnanexus-integration
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该技能提供了一套全面的解决方案,用于构建、运行和自动化复杂的、可复现的基因组学工作流程。它深度集成了`dx`命令行工具、`dxpy` Python SDK以及Nextflow等主流工作流语言。适用于大型生物计算任务的数据传输、作业监控、项目自动化以及确保安全高效的流程执行。
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ESM:蛋白质设计与结构预测
esm
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ESM提供先进的蛋白质语言模型,用于生物学理解、生成和结构预测。核心功能包括:生成具有特定功能的全新蛋白质序列、进行结构预测、执行逆向折叠(从结构设计序列)、以及提取高质量的蛋白质特征嵌入。适用于药物发现、生物信息学和蛋白质设计领域。
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流式细胞术FCS文件读写工具
flowio
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FlowIO是一款专用于读写流式细胞术标准文件(FCS 2.0, 3.0, 3.1)的底层工具。它能够帮助用户提取事件数据为NumPy数组,详细检查元数据(包括HEADER、TEXT等),并处理多数据集文件。该工具主要用于数据准备、格式转换和底层元数据管理,是生物信息学流程中的基础组件,但不执行复杂的分析任务如门控或补偿校正。
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计算流体力学模拟与分析
fluidsim
K-Dense-AI/scientific-agent-skills
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这是一个用于规划、配置、执行和分析复杂计算流体动力学(CFD)模拟的全面框架,采用伪谱方法。它强制实施了严格的多阶段工作流,引导用户从定义状态方程到生成资源估计、运行试运行和准备MPI作业。适用于高保真科学计算和结果可复现性需求。
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综合地理空间分析工具
geomaster
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这是一个全面的地理空间科学技能包,涵盖了遥感、GIS、空间统计和地球观测机器学习。它支持处理栅格、矢量、点云等多种数据类型(如Sentinel、Landsat),并集成了现代云原生工作流(STAC、COG)。适用于环境监测、城市规划和复杂的空间分析任务。
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