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AlphaFold结构访问

alphafold-database
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470
通过 UniProt 编号获取 AlphaFold 预测的蛋白质结构，下载 mmCIF/PDB 文件，分析 pLDDT/PAE 置信度，并用于结构分析或药物研发流程。
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注释数据矩阵工具

anndata
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483
AnnData 提供 Python 矩阵结构，结合 obs/var/obsm 等注释与高效读写，适用于单细胞及大规模生物信息分析场景。
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可扩展基因调控网络推断

arboreto
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使用 GRNBoost2/GENIE3 等可扩展算法，从 bulk 或单细胞表达数据中推断转录因子与靶基因关系，支撑大型转录组与 SCENIC 流程的调控网络分析。
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BGPT结构化论文检索

bgpt-paper-search
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438
BGPT论文检索通过远程MCP服务，从全文提取实验数据和方法、量化结果、样本与质量评分，便于进行系统综述、证据整理和元分析准备。
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生物Python分子工具

biopython
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393
Biopython 是一套完整的 Python 分子生物工具，支持序列操作、文件格式转换、NCBI 接入、BLAST 自动化、结构解析与系统发育分析，适合构建生物信息流程与批量任务。
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BioServices 生物信息接口

bioservices
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133
BioServices 生物信息接口在 Python 中统一访问 40 多个数据库（UniProt、KEGG、ChEMBL、Reactome 等），支持跨库查询、ID 映射、通路与序列分析，适合集成多资源的自动化工作流。
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临床决策支撑文档

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493
面向药企与临床研究者，生成涵盖生物标志物分层队列分析、GRADE分级治疗建议等内容的出版级临床决策支持文档，含统计、循证与合规要求。
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ClinPGx 药物基因组数据库

clinpgx-database
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通过 ClinPGx REST API 查询基因-药物关系、CPIC/DPWG/FDA 指南、等位基因功能与频率等临床药物基因组数据，支持个体化用药与临床决策。
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分布式Dask数据处理

dask
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Dask 用于超出内存限制的 pandas/NumPy 数据处理，借助 DataFrame、Array、Bag 和 Futures 模块，在单机或集群上并行加速 ETL、日志清洗与分布式计算任务。
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Data Commons 客户端

datacommons-client
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提供 Data Commons 的 Python 客户端，可解析实体、查询人口、经济、健康等公共统计数据，并结合 Pandas 处理观测记录，适合探索知识图谱中的统计关系。
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Denario科研流程助手

denario
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Denario通过多智能体协作，自动化科研流程，从数据洞察、方法构建到计算实验和LaTeX论文生成，全程支撑研究交付。
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DiffDock 分子对接

diffdock
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DiffDock 用扩散模型预测蛋白-配体结合构象与置信度，支持PDB结构、序列及SMILES/SDF输入，适合单复合体对接和批量虚拟筛选，用于基于结构的药物发现。
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