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病理切片分析工具

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PathML 是面向计算型病理的 Python 工具，支持整张切片读取、染色预处理、空间图谱构建以及多参数免疫荧光数据的机器学习分析。

结构化科研同行评审

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通过该技能可在稿件或资助申请审理中按清单评估方法设计、统计严谨性、报告规范与可重复性，并输出建设性意见，适合正式投稿或修订阶段的同行评审工作。

Protocols.io 集成助手

protocolsio-integration

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集成 protocols.io API，覆盖协议搜索、创建、更新和发布，管理步骤、工作区、讨论、文件与实验记录，帮助团队自动化协作流程与实验文档整理。

通用实验室自动化框架

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PyLabRobot 提供统一 Python 接口，驱动液体处理机器人、板式读取仪、泵、温控设备等多类实验室自动化硬件，适合多厂商协同、模拟验证和可复现实验流程。

PyOpenMS 质谱分析平台

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PyOpenMS 通过 Python 接口调用 OpenMS，面向蛋白质组和代谢组全流程，从文件读写、信号处理、特征检测到鉴定定量，并可与 pandas/可视化工具整合。

Pysam 基因组工具集

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Pysam 提供 htslib 的 Python 绑定，读取/写入 SAM/BAM/CRAM、VCF/BCF、FASTA/FASTQ，查询区域、计算覆盖度并支持 samtools/bcftools，便于构建 NGS 数据分析流程。

研究信息查询助手

research-lookup

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智能路由研究查询，通用问题走 Parallel Chat API，学术论文走 Perplexity，从而快速获取最新研究、核查信息、收集市场与学术数据并辅助撰写文献引用。

Scanpy 单细胞分析流程

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Scanpy 以 AnnData 为基础，构建可扩展的单细胞 RNA-seq 分析流程，涵盖质控、归一化、降维、聚类、标记基因发现、细胞注释、轨迹推断与出版级可视化，适用于探索型 scRNA-seq 研究。

科学头脑风暴指南

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作为科研思维伙伴，围绕跨学科类比、逆向假设与方案评估展开对话式头脑风暴，帮助梳理方向、识别突破点并规划下一步实验。

科学批判性思维

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通过评估研究设计、统计合理性与偏见等，用 GRADE 和 Cochrane 框架判定证据质量，帮助研究者和审稿人识别方法学缺陷，确保结论建立在牢靠证据上。

科研演示幻灯片助手

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为科研人员打造结构化、视觉化的学术报告幻灯片，提供内容筹划、模板设计、Nano Banana Pro 自动生成以及统一排版和引用规范，适用于会议、研讨、答辩等场景。

科研论文写作助手

scientific-writing

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指导以IMRAD结构撰写科研论文，先梳理提纲再写出完整段落，配合APA/AMA/Vancouver引用与CONSORT/STROBE/PRISMA等报告规范，并生成图形摘要及多张图表用于投稿。

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