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Biopython分子生物工具包

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Biopython 提供序列操作、数据库访问、BLAST 自动化、结构生物信息和系统发育等功能，适合用于编写定制流水线和批量处理的计算分子生物学任务。

生物服务跨库查询

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BioServices 提供统一 Python 接口，调用几十个生信服务，便于跨库查询、ID 映射、通路与序列分析以及复合物检索，适用于整合型生物数据流程。

Cirq 量子计算工具

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Cirq 是 Google Quantum AI 的 Python 框架，用于构建、模拟与运行考虑噪声的量子电路，涵盖电路变换、仿真、实验模板和硬件整合流程，适合面向真实量子设备的开发。

学术引文管理器

citation-management

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通过 Scholar 和 PubMed 搜索文献、提取完整元数据、校验引用并生成格式化 BibTeX，帮助科研写作保持引用准确。

COBRApy 代谢建模分析

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COBRApy 是面向系统生物学和代谢工程的 Python 工具，支持加载 SBML/JSON/YAML 模型、执行 FBA/FVA/采样、分析基因或反应敲除，并探索培养基与产物相位平面。

COSMIC癌症突变数据访问

cosmic-database

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通过认证获取COSMIC癌症突变数据，包括编码突变、基因普查、突变特征、融合、拷贝数、表达与耐药突变，支撑生信分析与精准肿瘤研究。

Datamol化学信息工具

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Datamol 提供 rdkit 的 Python 化封装，简化 SMILES/SELFIES/InChI 解析、结构标准化、分子描述符/指纹、聚类、3D 构象、并行批处理及云存储读写等药物发现流程，并保持与 rdkit.Chem.Mol 对象的兼容性。

NGS 数据可视化利器

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deepTools 提供命令行 Python 工具链，可将 BAM 转为标准化覆盖、完成 QC（指纹、相关、PCA）、比对样本，并绘制 ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq 的热图与轮廓等可视化，支持常见流程模板。

DNAnexus 云基因组集成

dnanexus-integration

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通过 DNAnexus 云基因组平台开发 app/applet、管理 FASTQ/BAM/VCF 等数据、运行工作流，并使用 dxpy 自动化脚本，支撑生物医学流水线。

EDGAR 数据提取器

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基于 Python 的库，访问并解析 SEC EDGAR 报送文件，提取 XBRL 财务表、Form4、13F 等结构化数据，支持 10-K/10-Q/8-K/DEF14A 等多种申报分析与公司筛选。

ENA序列访问

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通过 REST 接口或 FTP 访问欧洲核苷酸档案库，快速获取 DNA/RNA 序列、原始读段、组装体、注释和分类信息，便于科研或生信流水线集成。

科学数据探索分析

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自动识别 200+ 科学数据格式，提取元数据、评估数据质量、推荐可视化方案，并生成 Markdown 报告，帮助科研人员在后续分析前全面把握数据结构与特征。

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